Qiagen Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) Manuel D'utilisation
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Qiagen Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) Manuel D'utilisation

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Mai 2018
Manuel d'utilisation du Rotor-Gene
®
Q MDx 5plex HRM (CA)
À utiliser avec le Rotor-Gene Q version 2.3.4 ou supérieure
1114367FRCA
QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, ALLEMAGNE
R3
Sample & Assay Technologies

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Manuels Connexes pour Qiagen Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA)

Sommaire des Matières pour Qiagen Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA)

  • Page 1 Mai 2018 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene ® Q MDx 5plex HRM (CA) À utiliser avec le Rotor-Gene Q version 2.3.4 ou supérieure 1114367FRCA QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, 40724 Hilden, ALLEMAGNE Sample & Assay Technologies...

  • Page 3: Table Des Matières

    Table des matières Table des matières Informations de sécurité Utilisation appropriée Sécurité électrique Environnement Sécurité biologique Produits chimiques Mise au rebut des déchets Dangers mécaniques Danger lié à la chaleur 1-11 Maintenance 1-11 1.10 Symboles apposés sur le Rotor-Gene Q MDx 1-12 Introduction À...
  • Page 4 Table des matières Déballage du Rotor-Gene Q MDx Accessoires Installation du matériel Installation du logiciel 4-10 Version logicielle 4-14 4.10 Installation de l’ensemble de dosage Rotor-Gene Q 4-15 4.11 Logiciel supplémentaire pour les ordinateurs connectés 4-15 4.11.1 Antivirus 4-15 4.11.2 Pare-feu et réseaux 4-17 4.11.3 Outils système 4-22...
  • Page 5 Table des matières 6.2.5 Fenêtre 4 New Run Wizard (Assistant nouveau cycle d’exécution) 6-33 6.2.6 Fenêtre 5 New Run Wizard (Assistant nouveau cycle d’exécution) 6-34 Interface utilisateur d’analyse Espace de travail Barre d’outils Afficher les canaux bruts Basculer entre les échantillons Menu Fichier 7.5.1 Nouveau...
  • Page 6 Table des matières 7.8.3 Progression du profil 7-79 7.8.4 Modifier les échantillons 7-80 7.8.5 Options d’affichage 7-90 Protection d’accès pour le logiciel RGQ 7-91 7.9.1 Configuration pour Windows 7 7-93 7.9.2 Configuration pour Windows 10 7-101 7.9.3 Exécution de plusieurs utilisateurs sur un même ordinateur 7-103 7.9.4...
  • Page 7 Table des matières Analyse de fusion haute résolution 11-1 11.1 Instruments 11-3 11.2 Consignes pour une analyse HRM réussie 11-3 11.3 Préparation des échantillons 11-6 11.4 Configuration du logiciel 11-7 11.5 Analyse des données de real-time PCR 11-15 11.6 Analyse des données HRM 11-16 Dépannage 12-1...
  • Page 8 Table des matières Cette page est intentionnellement laissée vierge Table des matières-6 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 9: Informations De Sécurité

    Informations de sécurité Informations de sécurité Avant d’utiliser Rotor-Gene 5plex (Rotor-Gene Q MDx), vous devez impérativement lire ce manuel d’utilisation en portant une attention particulière aux informations de sécurité. Pour garantir un fonctionnement de l’instrument en toute sécurité et le maintenir en bon état de marche, il est impératif de suivre les instructions et les informations de sécurité...

  • Page 10: Utilisation Appropriée

    L’entretien du Rotor-Gene Q MDx doit être effectué exclusivement par des spécialistes de l’entretien sur site QIAGEN. Procédez à la maintenance comme décrit dans la section 9. QIAGEN facture les réparations dues à une maintenance incorrecte. AVERTISSEMENT/ Risque de blessures et dommages...
  • Page 11 Informations de sécurité AVERTISSEMENT/ Risque de blessures et dommages [W4] MISE EN GARDE tentez d’ouvrir capot cours de fonctionnement pendant phase centrifugation du Rotor-Gene Q MDx. Si vous forcez le verrou du capot pour atteindre l’intérieur de l’instrument, vous risquez de toucher des éléments brûlants, sous tension ou en mouvement à...

  • Page 12: Sécurité Électrique

    Informations de sécurité MISE EN GARDE Détérioration de l’instrument [C3] Inspectez le rotor à l’œil nu avant chaque cycle d’exécution et assurez-vous qu’il n’est ni endommagé ni déformé. Si vous touchez le Rotor-Gene Q MDx en cours d’expérience alors que vous êtes chargé en électricité statique, le Rotor- Gene Q MDx peut, dans les cas extrêmes, se réinitialiser.

  • Page 13: Environnement

    électriquement dangereuse, empêchez le reste du personnel de le mettre en service et contactez les services techniques QIAGEN. L’instrument peut présenter un risque électrique dans les cas suivants : L’instrument ou son cordon d’alimentation semble  être détérioré.

  • Page 14: Sécurité Biologique

    Informations de sécurité MISE EN GARDE Détérioration de l’instrument [C4] L’exposition à la lumière directe du soleil peut provoquer le blanchiment de certains éléments de l’instrument et détériorer les composants en plastique. Le Rotor-Gene Q MDx doit être tenu à l’abri de la lumière directe du soleil.
  • Page 15 Informations de sécurité AVERTISSEMENT Échantillons contenant des agents infectieux [W11] Certains échantillons utilisés avec cet instrument peuvent contenir des agents infectieux. Manipulez ces échantillons avec la plus grande précaution et conformément aux règles de sécurité applicables. Portez toujours des lunettes de protection, 2 paires de gants et un sarrau de laboratoire.

  • Page 16: Produits Chimiques

    Informations de sécurité Produits chimiques AVERTISSEMENT Produits chimiques dangereux [W12] Certains produits chimiques utilisés avec cet instrument peuvent être dangereux ou le devenir après le cycle d’exécution du protocole. Portez toujours des lunettes de protection, des gants et un sarrau de laboratoire. La personne responsable (p.

  • Page 17: Dangers Mécaniques

    Si le rotor ou l’anneau de verrouillage présente des signes de détérioration mécanique ou de corrosion, cessez d’utiliser le Rotor- Gene Q MDx et contactez les services techniques QIAGEN. MISE EN GARDE Détérioration de l’instrument [C6] Le Rotor-Gene Q MDx ne doit pas être utilisé si le capot est cassé...
  • Page 18 Informations de sécurité MISE EN GARDE Détérioration de l’instrument [C7] Si le Rotor-Gene Q MDx est utilisé immédiatement après avoir été livré dans une zone climatique froide, certaines pièces mécaniques peuvent se bloquer. Laissez l’instrument se stabiliser à température ambiante pendant au moins une heure avant de le mettre sous tension.

  • Page 19: Danger Lié À La Chaleur

    à température ambiante. La prudence est de mise avant de manipuler le rotor ou un tube quelconque de l’instrument. Maintenance Procédez à la maintenance comme décrit dans la section 9. QIAGEN facture les réparations dues à une maintenance incorrecte. AVERTISSEMENT/ Risque de blessures et dommages [W19] MISE EN GARDE Effectuez uniquement la maintenance qui est décrite...

  • Page 20: Symboles Apposés Sur Le Rotor-Gene Q Mdx

    Informations de sécurité MISE EN GARDE Détérioration du boîtier de l’instrument [C8] Ne nettoyez jamais le boîtier de l’instrument avec de l’alcool ou des solutions à base d’alcool. L’alcool endommagera le boîtier. Utilisez uniquement de l’eau distillée pour nettoyer le boîtier. 1.10 Symboles apposés sur le Rotor-Gene Q MDx Symbole...
  • Page 21 Informations de sécurité Symbole Emplacement Description Marquage FCC de la commission fédérale des communications des Plaque signalétique États-Unis à l’arrière de l’instrument (United States Federal Communications Commission, USFCC) Plaque signalétique Marquage RCM pour l’Australie à l’arrière de l’instrument (identifiant du fournisseur N17965) Marquage RoHS pour la Chine (restriction de l’utilisation de Plaque signalétique...
  • Page 22 Informations de sécurité Cette page est intentionnellement laissée vierge 1-14 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 23: Introduction

    Introduction Introduction Nous vous remercions d’avoir choisi le Rotor-Gene Q MDx. Nous sommes persuadés qu’il fera partie intégrante de votre laboratoire. Avant d’utiliser le Rotor-Gene Q MDx, il est impératif de lire attentivement le présent manuel et de porter une attention particulière aux informations de sécurité.

  • Page 24: Informations Générales

    Informations générales 2.2.1 Assistance technique Chez QIAGEN, nous sommes fiers de la qualité et de la disponibilité de notre support technique. Nos départements du service technique sont composés de scientifiques expérimentés bénéficiant d’un vaste savoir-faire pratique et théorique en ce qui concerne la biologie moléculaire et l’utilisation des...

  • Page 25: Gestion Des Versions

    (Polymerase chain reaction, PCR) dans des applications cliniques. Le Rotor-Gene Q MDx ne doit être utilisé qu’avec les kits QIAGEN prévus pour les instruments Rotor-Gene Q dans les applications décrites dans les manuels des trousses QIAGEN correspondants. L’instrument Rotor-Gene Q MDx est destiné au diagnostic in vitro.
  • Page 26 Introduction Cette page est intentionnellement laissée vierge Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 27: Description Générale

    Description générale Description générale Le Rotor-Gene Q MDx est un instrument innovant qui permet une real-time PCR de grande précision et qui convient parfaitement aux applications de diagnostic in vitro. Puissant et convivial, le logiciel offre aux utilisateurs débutants une grande simplicité et fournit aux plus expérimentés une plate-forme d’expérimentation ouverte.

  • Page 28: Système Optique

    Description générale évacuation de l’air par le haut tandis que l’air ambiant est soufflé à travers la base. Chauffage Le ventilateur centrifuge déplace Les éléments de chauffage l’air à travers la chambre s’allument L’orifice d’aération de la chambre se ferme pour piéger l’air Refroidissement Le ventilateur...
  • Page 29 Description générale peut être utilisé pour des réactions multiplexes, assurant une variabilité minimale de la fluorescence entre les échantillons et permettant d’éviter l’étalonnage ou la compensation. Les échantillons sont excités par le bas de la chambre par une diode électroluminescente (DEL). L’énergie est transmise à...
  • Page 30 (High Plus+, EvaGreen resolution melt, HRM) Remarque : Les trousses QIAGEN à utiliser avec les instruments Rotor-Gene Q MDx sont optimisées quant à certaines combinaisons de colorants. Consultez le mode d’emploi (manuel) correspondant pour plus d’informations. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 31: Procédures D'installation

    Pour plus d’informations sur les spécifications requises de la paillasse, contactez les services techniques QIAGEN. Remarque : Il est primordial de placer l’instrument Rotor-Gene Q MDx sur une surface stable, de niveau et non soumise à des vibrations.

  • Page 32: Connexion D'alimentation Ca

    10 % des tensions d’alimentation nominales. Exigences de mise à la terre Afin de protéger le personnel, QIAGEN recommande de mettre correctement le Rotor-Gene Q MDx à la terre. L’instrument est équipé d’un cordon d’alimentation CA à 3 conducteurs qui relie l’instrument à...

  • Page 33: Configuration Requise De L'ordinateur

    Procédures d’installation Configuration requise de l’ordinateur L’ordinateur portable, fourni avec le Rotor-Gene Q MDx, est conforme à la configuration requise du logiciel Rotor-Gene Q détaillée dans le tableau ci-après. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...
  • Page 34 Procédures d’installation Configuration système requise de l’ordinateur Description Configuration minimale requise Système d’exploitation Microsoft Windows 7 Professionnel (32 et 64 bits)* (Service Pack 1) Microsoft Windows 10 Professionnel 64 bits Processeur † Intel ® Core™ 2 Duo 1,66 GHz ou version supérieure †...

  • Page 35: Configuration De Sécurité Pour Windows

    Procédures d’installation Configuration de sécurité pour Windows 7 Les ordinateurs portables fournis par QIAGEN, à utiliser avec votre instrument Rotor-Gene Q MDx, disposent d’une version préinstallée de Microsoft Windows 7 et sont configurés avec un compte d’utilisateur Windows standard (sans droits d’administration) et un compte d’administrateur.
  • Page 36 Procédures d’installation Ouvrez le panneau de configuration de Windows par le menu Start (Démarrer) puis sélectionnez User Accounts/Manage Accounts (Comptes d’utilisateurs/Gérer les comptes). 1. Choisissez Create a new account (Créer un nouveau compte). 2. Nommez le compte puis sélectionnez Standard User (Utilisateur standard) comme type de compte.

  • Page 37: Déballage Du Rotor-Gene Q Mdx

    Procédures d’installation Déballage du Rotor-Gene Q MDx Le Rotor-Gene Q MDx vous est fourni avec tous les composants nécessaires à l’installation et à l’utilisation de l’instrument. Le carton contient également une liste de tous les composants fournis. Remarque : Vérifiez bien cette liste pour vous assurer d’avoir reçu tous les composants.

  • Page 38: Accessoires

    Procédures d’installation composants suivants sont déjà installés dans le Rotor-Gene Q MDx : 72-Well Rotor (ce rotor est de couleur bleue)  72-Well Rotor Locking Ring  Un ordinateur portable est également fourni. Une fois le Rotor-Gene Q MDx déballé, installez l’instrument comme décrit ci-après.
  • Page 39 Procédures d’installation au Rotor-Gene Q MDx. Reportez-vous à la section 4.7, ou au Guide d’installation de Rotor-Gene Q fourni avec l’instrument, pour savoir comment installer le logiciel Rotor-Gene Q. 6. Branchez le câble USB ou le câble série RS-232 à un port USB ou à...

  • Page 40: Installation Du Logiciel

    Procédures d’installation Installation du logiciel 1. Pour installer le logiciel Rotor-Gene Q, insérez le CD (logiciel Rotor-Gene Q) fourni avec l’instrument dans le lecteur CD de l’ordinateur. 2. Sélectionnez « Install Operating Software » (Installer le logiciel d’exploitation) dans la fenêtre qui s’ouvre. Remarque : Reportez-vous au Guide d’installation de Rotor-Gene Q fourni avec l’instrument pour installer facilement le logiciel en suivant les étapes pas à...
  • Page 41 Procédures d’installation du Rotor-Gene Q MDx indique que l’instrument est prêt à l’emploi. Remarque : Lors du premier démarrage du Rotor-Gene Q MDx connecté à un ordinateur, le système d’exploitation le reconnaît et un certain nombre de messages apparaissent. Reportez-vous au Guide d’installation de Rotor-Gene Q fourni avec l’instrument pour plus d’informations.
  • Page 42 Procédures d’installation 6. Une fenêtre « Welcome » (Bienvenue) apparaît la première fois que vous lancez le logiciel, mais n’apparaît plus lors des mises à niveau logicielles ultérieures. Machine Saisissez le numéro de série (7 chiffres) Serial Number indiqué à l’arrière du Rotor-Gene Q MDx. (Numéro de série de la machine) : Port :...
  • Page 43 Procédures d’installation Run in Virtual En cochant cette case, vous autorisez Mode (For l’installation du logiciel Rotor-Gene Q Demonstration) sur un ordinateur qui n’est pas connecté (Lancer en mode au Rotor-Gene Q MDx. Le logiciel est virtuel [Démo]) : parfaitement fonctionnel et peut simuler des cycles d’exécution.

  • Page 44: Version Logicielle

    Procédures d’installation Version logicielle Pour connaître votre numéro de version, cliquez sur « Help » (Aide) puis sur « About This Software... » (À propos de ce logiciel). La fenêtre « About This Software… » (À propos de ce logiciel) affiche des informations générales sur le logiciel, notamment la version, ainsi que le numéro de série et le modèle de l’instrument.

  • Page 45: Installation De L'ensemble De Dosage Rotor-Gene Q

    œuvre. 4.11.1 Antivirus QIAGEN est conscient de la menace que constituent les virus pour tout ordinateur échangeant des données avec d’autres ordinateurs. logiciel...
  • Page 46 • Symantec Endpoint Protection V12.1.6 • Microsoft Security Essentials V4.10.209 Consultez la page produit sur QIAGEN.com pour connaître les dernières versions de logiciels antivirus qui ont été validées avec les logiciels Rotor-Gene Q et Rotor-Gene AssayManager versions 1.0 et 2.1.

  • Page 47: Consultez Le Manuel De L'antivirus Utilisé Pour Plus

    Pour une utilisation en réseau, le pare-feu sur l’ordinateur portable fourni par QIAGEN est configuré de façon à bloquer le trafic entrant sur tous les ports, à l’exception de ceux nécessaires pour établir une connexion réseau.
  • Page 48 Procédures d’installation 1. Ouvrez « Control Panel » (Panneau de configuration) et sélectionnez « Windows Firewall » (Pare-feu Windows). 2. Sélectionnez « Use recommended settings » (Utiliser les paramètres recommandés). 4-18 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...
  • Page 49 Pour des raisons de sécurité et de fiabilité, l’accès au réseau doit se faire par connexion câblée et non pas Wi-Fi. La carte Wi-Fi intégrée aux ordinateurs portables fournis par QIAGEN est désactivée. Si votre configuration est différente, un administrateur système doit désactiver manuellement la carte Wi-Fi en procédant comme suit :...
  • Page 50 Procédures d’installation 1. Ouvrez « Control Panel » (Panneau de configuration) et sélectionnez « Network and Sharing Center » (Centre Réseau et partage). 2. Sélectionnez « Change adapter settings » (Modifier les paramètres de la carte). 4-20 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...
  • Page 51 Procédures d’installation 3. Passez le curseur sur l’icône « Wireless Network Connection » (Connexion réseau sans fil), faites un clic droit puis sélectionnez « Disable » (Désactiver) dans le menu contextuel. 4. Vérifiez que la connexion réseau sans fil est bien désactivée. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 4-21...

  • Page 52: Outils Système

    PCR. 4.11.4 Mises à jour du système d’exploitation Les ordinateurs portables fournis par QIAGEN sont configurés de sorte que les mises à jour automatiques du système d’exploitation soient désactivées. Si votre configuration est différente, un administrateur système doit désactiver les mises à...
  • Page 53 Procédures d’installation 1. Ouvrez « Control Panel » (Panneau de configuration) et sélectionnez « Windows Update ». 2. Sélectionnez « Change settings » (Modifier les paramètres). Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 4-23...
  • Page 54 Procédures d’installation 3. Sélectionnez « Never check for updates » (Ne jamais rechercher de mises à jour). 4. Vérifiez que l’option « Never check for updates » (Ne jamais rechercher de mises à jour) est active. 4-24 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 55: Mise À Jour Des Logiciels

    QIAGEN offre possibilité d’installer un ensemble spécifique de correctifs de sécurité Windows validés, en ligne (si l’ordinateur portable QIAGEN dispose d’une connexion à Internet) ou par un ensemble hors connexion préparé sur un ordinateur distinct connecté à Internet. Consultez la page produit sur QIAGEN.com pour plus d’informations.
  • Page 56 Procédures d’installation Cette page est intentionnellement laissée vierge 4-26 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 57: Procédures De Fonctionnement-Matériel

    épaisseurs diverses, cela peut engendrer un alignement incorrect du chemin optique du Rotor-Gene Q MDx et de la réaction dans le tube. QIAGEN se réserve le droit de refuser tout support technique pour des problèmes imputables à des composants en plastique non certifiés QIAGEN utilisés sur l’instrument Rotor-Gene Q MDx.
  • Page 58 Procédures de fonctionnement – Matériel 36-Well Rotor Le 36-Well Rotor est de couleur rouge. Le 36-Well Rotor et le 36-Well Rotor Locking Ring permettent d’utiliser des tubes de 0,2 ml. Les tubes n’ont pas à être munis de bouchons à lecture optique car le Rotor-Gene Q MDx lit la fluorescence par le fond du tube et non par le haut.
  • Page 59 Procédures de fonctionnement – Matériel et thermoscellé. Ce film est rapide à appliquer et empêche toute contamination en assurant une étanchéité solide, durable et inviolable. Pour plus d’informations sur le Rotor- Disc 72, voir la section 5.3. Rotor-Disc 100 Rotor Le Rotor-Disc 100 Rotor est de couleur dorée.

  • Page 60: Préparation De La Réaction

    Procédures de fonctionnement – Matériel Spécifications des rotors Volume Capacité réactionnel Type de rotor des puits d’échantillons Type de tube recommandé 36-Well Rotor 200 µl Tubes, 20–50 µl 0.2 ml 72-Well Rotor 100 µl Strip Tubes and 20–50 µl Caps, 0.1 ml Rotor-Disc 72 100 µl Rotor-Disc 72...
  • Page 61 Procédures de fonctionnement – Matériel du 72-Well Rotor. Vous pouvez utiliser cette même procédure pour la préparation de la réaction à l’aide du 36-Well Rotor et des accessoires adaptés. 1. Mettez les tubes en barrettes dans le Loading Block puis aliquotez les composants de la réaction.
  • Page 62 Procédures de fonctionnement – Matériel 2. Mettez correctement les bouchons sur les tubes en barrettes et inspectez à l’œil nu pour vérifier l’étanchéité. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...
  • Page 63 Procédures de fonctionnement – Matériel 3. Insérez les tubes en barrettes dans le 72-Well Rotor, en veillant à ce que chaque tube soit correctement placé dans l’orientation qui convient. Les échantillons ne seront pas alignés de manière optimale sur le système de détection s’ils ne sont pas correctement placés dans le rotor.
  • Page 64 Procédures de fonctionnement – Matériel 4. Insérez le 72-Well Rotor Locking Ring sur le 72-Well Rotor en enfonçant les 3 goupilles de position dans les orifices extérieurs du rotor. Le Locking Ring maintient les bouchons sur les tubes pendant un cycle d’exécution. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 65: Installation Du Rotor-Disc

    Procédures de fonctionnement – Matériel 5. Insérez l’ensemble dans la chambre du Rotor-Gene Q MDx en l’encliquetant à l’aide de la goupille de position du moyeu du rotor. Pour le désolidariser, appuyez sur le moyeu du rotor afin de le libérer puis retirez-le. 6.
  • Page 66 Procédures de fonctionnement – Matériel 2. Choisissez une étanchéité permanente ou amovible. Remarque : Une fois que le Rotor-Disc Heat Sealer est prêt, vous pouvez le laisser fonctionner en permanence. 3. Insérez le Rotor-Disc dans le Rotor-Disc Loading Block en utilisant la première position du Rotor-Disc et les orifices de guidage de tube du Rotor-Disc Loading Block.
  • Page 67 Procédures de fonctionnement – Matériel 6. Appliquez le film sur le Rotor-Disc dans l’orientation qui convient, indiquée par la mention « SIDE UP » (Vers le haut). Assurez-vous que la mention « SIDE UP » (Vers le haut) est bien placée au fond du Rotor-Disc Loading Block.
  • Page 68 Procédures de fonctionnement – Matériel 7. Insérez l’ensemble dans le Rotor-Disc Heat Sealer à l’aide des rails de guidage sur le côté du Rotor-Disc Loading Block. Poussez à fond le Rotor-Disc Loading Block. 8. Pour activer le mécanisme d’étanchéisation, abaissez la barre bleue anodisée au-dessus du thermoscelleur puis repoussez le taquet noir.
  • Page 69 Procédures de fonctionnement – Matériel 9. Dès que le mécanisme d’étanchéisation est abaissé, un voyant orange « Sealing » (Étanchéisation) s’allume. Si le Rotor-Disc Loading Block est mal positionné, un signal sonore d’avertissement retentit. 10. Une fois l’étanchéisation terminée, un signal sonore continu retentit voyant...
  • Page 70 Procédures de fonctionnement – Matériel Cette page est intentionnellement laissée vierge 5-14 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 71: Procédures De Fonctionnement - Logiciel

    Procédures de fonctionnement – Logiciel Procédures de fonctionnement – Logiciel Vous pouvez configurer de nouveaux cycles d’exécution à l’aide de l’assistant de démarrage rapide ou de l’assistant avancé, qui apparaît au démarrage du logiciel. L’assistant de démarrage rapide permet à l’utilisateur de lancer le cycle d’exécution le plus vite possible.
  • Page 72 Procédures de fonctionnement – Logiciel Perform Last Run « Perform Last Run » (Exécuter le dernier (Exécuter le cycle d’exécution) utilise les définitions de dernier cycle cycles, d’acquisition et d’échantillon du d’exécution) : dernier cycle d’exécution ouvert dans le logiciel. Three Step with Il s’agit d’un profil de cycles en trois étapes Melt (Trois étapes...
  • Page 73 Procédures de fonctionnement – Logiciel Quenched FRET Il s’agit d’un profil de cycles en trois étapes (FRET supprimé) : et d’une courbe de fusion. Contrairement à Three Step with Melt (Trois étapes avec fusion), l’acquisition se fait à la fin de l’étape de renaturation.

  • Page 74: Sélection Du Rotor

    Procédures de fonctionnement – Logiciel 6.1.1 Sélection du rotor Dans la fenêtre suivante, sélectionnez le type de rotor dans la liste. Cochez case « Locking Ring Attached » (Anneau de verrouillage posé) puis cliquez sur « Next » (Suivant). Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 75: Confirmer Le Profil

    Procédures de fonctionnement – Logiciel 6.1.2 Confirmer le profil Les conditions des cycles et les canaux d’acquisition du modèle choisi sont importés. Ces éléments peuvent être modifiés dans la fenêtre « Edit Profile » (Modifier le profil) (voir la section 6.2.4). Pour lancer un cycle d’exécution, cliquez sur le bouton «...

  • Page 76: Enregistrerle Cycle D'exécution

    Procédures de fonctionnement – Logiciel 6.1.3 Enregistrerle cycle d’exécution Une fois que vous avez cliqué sur le bouton « Start Run » (Démarrer le cycle d’exécution), la fenêtre « Save As » (Enregistrer sous) apparaît. Vous pouvez enregistrer le cycle d’exécution à l’emplacement de votre choix.

  • Page 77: Configuration Des Échantillons

    Procédures de fonctionnement – Logiciel 6.1.4 Configuration des échantillons Une fois le cycle d’exécution commencé, la fenêtre « Edit Samples » (Modifier les échantillons) permet de définir et de décrire les échantillons. La fenêtre « Edit Samples » (Modifier les échantillons) apparaît après le début du cycle d’exécution pour que l’utilisateur puisse y saisir les noms des échantillons.
  • Page 78 Procédures de fonctionnement – Logiciel Les options des modèles figurant dans cette fenêtre sont semblables à celles de l’assistant de démarrage rapide (Section 6.1). Perform Last Run « Perform Last Run » (Exécuter le dernier (Exécuter le cycle d’exécution) importe les définitions dernier cycle de cycles, d’acquisition et d’échantillon d’exécution) :...
  • Page 79 Procédures de fonctionnement – Logiciel Two Step Il s’agit d’un profil de cycles en deux étapes (Deux étapes) : avec acquisition de données sur le canal vert uniquement, pour accélérer le cycle d’exécution. HRM : Ce dossier contient 2 profils de fusion haute résolution.

  • Page 80: Fenêtre 1 New Run Wizard (Assistant Nouveau Cycle D'exécution)

    Procédures de fonctionnement – Logiciel 6.2.1 Fenêtre 1 New Run Wizard (Assistant nouveau cycle d’exécution) Dans la fenêtre suivante, sélectionnez le type de rotor dans la liste. Cochez la case « Locking Ring Attached » (Anneau de verrouillage posé) puis cliquez sur « Next » (Suivant) pour poursuivre.

  • Page 81: Fenêtre 3 New Run Wizard (Assistant Nouveau Cycle D'exécution)

    Procédures de fonctionnement – Logiciel à l’aide d’une pipette multicanaux à 8 canaux. Vous pouvez choisir la disposition « A1, A2, A3... » si elle vous convient. 6.2.3 Fenêtre 3 New Run Wizard (Assistant nouveau cycle d’exécution) Dans cette fenêtre, vous pouvez modifier le « Temperature Profile »...

  • Page 82: Modifier Le Profil

    Procédures de fonctionnement – Logiciel Une fois le profil configuré, cliquez sur le bouton « Gain Optimisation... » (Optimisation du gain...) pour ouvrir la fenêtre « Gain Optimisation » (Optimisation gain) (voir page 6-25). 6.2.4 Modifier le profil La fenêtre « Edit Profile » (Modifier le profil) permet de spécifier les conditions des cycles et les canaux d’acquisition.
  • Page 83 Procédures de fonctionnement – Logiciel Insert after... Permet d’ajouter un nouveau cycle après (Insérer après...) : le cycle sélectionné. Insert before... Permet d’ajouter un nouveau cycle avant (Insérer avant...) : le cycle sélectionné. Remove Permet de supprimer le cycle sélectionné (Supprimer) : du profil.
  • Page 84 Procédures de fonctionnement – Logiciel Si vous lancez un Optical Denature Cycling (cycle de dénaturation optique), vous pouvez utiliser un Hold (maintien) comme étape d’étalonnage. Dans ce cas, une fusion d’étalonnage est effectuée avant le maintien. Par défaut, la configuration est faite pour le premier maintien du cycle d’exécution mais peut être modifiée si nécessaire.
  • Page 85 Procédures de fonctionnement – Logiciel Un cycle unique s’affiche sous forme de graphique (comme illustré sur la capture d’écran ci-après). Chaque étape du cycle peut être modifiée. La température peut être modifiée en faisant glisser la ligne de température du graphique vers le haut ou vers le bas.
  • Page 86 Procédures de fonctionnement – Logiciel Acquisition Les données peuvent être acquises sur n’importe quel canal à n’importe quelle étape des cycles. Pour définir un canal d’acquisition de données, cliquez sur le bouton « Not Acquiring » (Pas d’acquisition) (si un canal a déjà été choisi pour l’acquisition à...
  • Page 87 Procédures de fonctionnement – Logiciel Une fois que vous avez cliqué sur le bouton « Not Acquiring » (Pas d’acquisition), la fenêtre « Acquisition » apparaît. Pour définir un canal d’acquisition, sélectionnez le canal puis déplacez-le de la liste « Available Channels » (Canaux disponibles) à...
  • Page 88 Procédures de fonctionnement – Logiciel Le Dye Channel Selection Chart (Tableau de sélection des canaux et colorants) permet à l’utilisateur de décider quel canal convient au colorant qu’il souhaite utiliser. Les colorants qui apparaissent dans le tableau sont les plus couramment utilisés, ils n’indiquent pas les limites de l’instrument.

  • Page 89: Optical Denature Cycling (Cycle De Dénaturation Optique)

    Procédures de fonctionnement – Logiciel 0,02 ºC. La durée du maintien minimale entre les étapes de températures varie en fonction du nombre de degrés entre chaque étape. Fusion haute résolution L’analyse de fusion haute résolution (High resolution melt, HRM) permet de caractériser des échantillons d’ADN double brin d’après leur comportement de dissociation (fusion).
  • Page 90 Procédures de fonctionnement – Logiciel initiale. Une courbe de fusion est générée à partir de ces données puis automatiquement analysée. Le pic de fusion est comparé aux données brutes afin d’obtenir un seuil de dénaturation. Ensuite, à chaque étape du Optical Denature Cycling (cycle de dénaturation optique), l’instrument est chauffé...
  • Page 91 Procédures de fonctionnement – Logiciel Pour réaliser un Optical Denature Cycling (cycle de dénaturation optique), il vous faut : Un produit de la PCR préamplifié, à placer en  position 1 dans le rotor. Cet échantillon doit contenir le même produit de la PCR que les échantillons d’intérêt ainsi qu’un produit de détection permettant de contrôler la dissociation du produit de la PCR.
  • Page 92 Procédures de fonctionnement – Logiciel une étape de Optical Denature Cycling (cycle de dénaturation optique) apparaît. La partie augmentée au début du cycle d’exécution représente le processus d’étalonnage. Les points verts représentent les acquisitions effectuées à chaque cycle pendant le chauffage. Les points bleus représentent l’acquisition à...
  • Page 93 Procédures de fonctionnement – Logiciel 4. Assurez-vous que : Le tube indiqué dans « Tube Position » (Position de  tube) contient un produit de la PCR qui affiche un pic de fusion sur le canal vert. La température finale ne va pas brûler l’échantillon ...

  • Page 94: Modification D'une Étape Existante Pour Utiliser Le Optical Denature Cycling (Cycle De Dénaturation Optique)

    Procédures de fonctionnement – Logiciel Les paramètres d’étalonnage sont synchronisés avec les paramètres de dénaturation, ainsi toute modification de la durée du maintien dans l’étape de Denature (dénaturation) actualise automatiquement la durée du maintien de l’étalonnage. La raison est que le processus d’étalonnage et la dénaturation sont équivalents dans le Optical Denature Cycling (cycle de dénaturation optique).
  • Page 95 Procédures de fonctionnement – Logiciel Cliquez sur le menu déroulant puis sélectionnez « Optical Denature » (Dénaturation optique). La température et la durée du maintien sont supprimées et l’icône « Optical Denature » (Dénaturation optique) apparaît. « Gain Optimisation » (Optimisation du gain) Lorsque vous configurez un nouveau cycle d’exécution, vous pouvez utiliser la fonction «...
  • Page 96 Procédures de fonctionnement – Logiciel Pour effectuer l’optimisation du gain, cliquez sur le bouton « Gain Optimisation… » (Optimisation du gain...) dans la fenêtre 3 New Run Wizard (Assistant nouveau cycle d’exécution) (voir la section 6.2.3). La fenêtre « Auto-Gain Optimisation Setup » (Configuration de l’optimisation du gain automatique) apparaît.
  • Page 97 Procédures de fonctionnement – Logiciel Set temperature Avant la mesure, le Rotor-Gene Q MDx est to (Régler la chauffé ou refroidi pour correspondre à la température température spécifiée. Par défaut, elle est sur) : définie sur la température d’acquisition. Optimise «...
  • Page 98 Procédures de fonctionnement – Logiciel Perform Cochez cette case pour effectuer une Optimisation « Gain Optimisation » (Optimisation du Before 1st gain) au premier cycle dans lequel a lieu Acquisition l’acquisition des données. Cela est (Effectuer recommandé pour une « Auto-Gain l’optimisation Optimisation »...
  • Page 99 Procédures de fonctionnement – Logiciel Edit… Ce bouton permet d’ouvrir une fenêtre dans (Modifier...) : laquelle vous pouvez définir la « Target Sample Range » (Plage d’échantillons cibles). La « Target Sample Range » (Plage d’échantillons cibles) est la plage de fluorescence initiale qui doit être définie pour l’échantillon dans le tube spécifié.
  • Page 100 Procédures de fonctionnement – Logiciel Remove/Remove All « Remove » (Supprimer) permet de (Supprimer/ supprimer le canal mis en surbrillance. Supprimer tout) : « Remove All » (Supprimer tout) permet de supprimer tous les canaux. Start (Démarrer) : « Start » (Démarrer) permet de commencer la «...
  • Page 101 Procédures de fonctionnement – Logiciel spécifiée. Cela peut être dû aux modifications de fluorescence après la première étape de maintien. Toutefois, le résultat de la « Gain Optimisation » (Optimisation du gain) fournit une bonne indication du niveau de fluorescence auquel commencera le cycle d’exécution.
  • Page 102 Procédures de fonctionnement – Logiciel présente une couleur vive apparaissent, ceux dont la cellule présente une couleur claire n’apparaissent pas. Vous pouvez activer ou désactiver les échantillons en cliquant sur la cellule ou en faisant glisser le pointeur de la souris sur plusieurs cellules en même temps.

  • Page 103: Fenêtre 4 New Run Wizard (Assistant Nouveau Cycle D'exécution)

    Procédures de fonctionnement – Logiciel 6.2.5 Fenêtre 4 New Run Wizard (Assistant nouveau cycle d’exécution) Cette fenêtre résume le cycle d’exécution. Vérifiez les paramètres et, s’ils sont corrects, cliquez sur « Start Run »(Démarrer le cycle d’exécution). Vous êtes invité à...

  • Page 104: Fenêtre 5 New Run Wizard (Assistant Nouveau Cycle D'exécution)

    Procédures de fonctionnement – Logiciel 6.2.6 Fenêtre 5 New Run Wizard (Assistant nouveau cycle d’exécution) Saisissez les types d’échantillons et les descriptions dans cette fenêtre pendant que le cycle d’exécution est en cours. Le fonctionnement de cette fenêtre est le même que pour la fenêtre «...

  • Page 105: Interface Utilisateur D'analyse

    Interface utilisateur d’analyse Interface utilisateur d’analyse Ce chapitre décrit l’interface utilisateur du logiciel Rotor-Gene Q. Espace de travail L’espace de travail est le fond de la fenêtre principale. Dans cette zone, vous pouvez ouvrir les tracés des données brutes et les résultats d’analyse. Si vous ouvrez plusieurs fenêtre simultanément, vous pouvez les réorganiser en cliquant sur le bouton «...
  • Page 106 Interface utilisateur d’analyse Lorsque vous affichez ces données, un certain nombre d’options permettent de modifier la présentation des données. Les données brutes peuvent aussi être transformées pour faciliter différents types d’analyses. Adjust Scale Pour sélectionner « Adjust Scale » (Ajuster (Ajuster l’échelle), faites un clic droit sur la fenêtre l’échelle) :...
  • Page 107 Interface utilisateur d’analyse Normalise to... Permet la normalisation des données (Normaliser par d’amplification par rapport aux données rapport à...) : d’un colorant de référence passive, comme le ROX, acquises dans un autre canal. Crop start cycles Permet de créer une nouvelle série de (Supprimer les données du canal dans laquelle certains cycles de début) :...

  • Page 108: Basculer Entre Les Échantillons

    Interface utilisateur d’analyse Basculer entre les échantillons Un bouton bascule est présent à droite de la fenêtre principale, il inclut une légende des échantillons. Il comprend des cellules colorées, chacune correspondant à un échantillon sur l’affichage. Le bouton bascule permet de décider quels échantillons peuvent apparaître...
  • Page 109 Interface utilisateur d’analyse Le bouton bascule est illustré ci-dessous. Les options supplémentaires affichées apparaissent lorsque vous faites un clic droit sur le bouton bascule. Page : Cette légende en haut du bouton bascule indique la page de l’échantillon affichée. Les pages permettent des analyses indépendantes variées d’une série de données du canal.

  • Page 110: Menu Fichier

    Interface utilisateur d’analyse Toggle Sample Si vous utilisez un 72-Well Rotor, les ID Display échantillons apparaissent au format A1 à A8, (Basculer B1 à B8, etc. L’option « Toggle Sample ID l’affichage d’ID Display » (Basculer l’affichage d’ID échantillon) : échantillon) vous permet de basculer vers un ordre croissant des échantillons (1 à...
  • Page 111 Interface utilisateur d’analyse Pour plus d’informations sur les modèles présentés, voir la section 6.1 et la section 6.2. Nouveau cycle d’exécution New... Permet de débuter la configuration du (Nouveau...) : cycle d’exécution à l’aide du modèle sélectionné. Cancel Permet de fermer cette fenêtre. (Annuler) : Help (Aide) : Permet d’ouvrir l’aide en ligne.

  • Page 112: Ouvrir Et Enregistrer

    Interface utilisateur d’analyse Show This Screen Si cette case est cochée, la fenêtre When Software « New Run » (Nouveau cycle d’exécution) Opens apparaît au démarrage du logiciel. (Afficher cet écran à l’ouverture du logiciel) 7.5.2 Ouvrir et enregistrer Open... Permet d’ouvrir un fichier de cycle (Ouvrir...) : d’exécution Rotor-Gene Q...
  • Page 113 SGIL vers le SGIL) : conformément aux exigences de l’utilisateur. Nous vous invitons à contacter les services techniques de QIAGEN pour plus d’informations. Excel Data Sheet... Permet d’exporter tous les canaux bruts (Feuille de données vers une feuille Excel ®...
  • Page 114 Interface utilisateur d’analyse LinReg Export Permet d’exporter toutes les données Format... (Format brutes des canaux dans un format lisible d’exportation par LinReg (un outil d’analyse LinReg) : performant). Voir « Exportation vers LinReg » ci-après pour plus de détails. Matlab Export... Permet d’exporter les données dans un (Exportation format lisible par l’ensemble scientifique...

  • Page 115: Rapports

    Interface utilisateur d’analyse 2. Exportez les données au format d’exportation LinReg en sélectionnant « Save As… » (Enregistrer sous...) puis « LinReg Export Format… » (Format d’exportation LinReg). 3. Microsoft Excel affiche automatiquement les données brutes exportées. 4. Démarrez l’outil LinReg. 5.
  • Page 116 Interface utilisateur d’analyse Virtual Mode Cochez cette option si le logiciel doit être (Mode virtuel) : utilisé sans connexion au Rotor-Gene Q MDx. Le logiciel conserve toutes les fonctions. Ce mode est utile pour la démonstration, l’analyse de données et la définition de modèles. Allow access to Si cette option est décochée pendant la this setup screen...

  • Page 117: Menu Analyse

    Interface utilisateur d’analyse Auto-Detect Si vous n’êtes pas sûr du port (Détection à sélectionner, cliquez sur « Auto-Detect » automatique) : (Détection automatique) pour rechercher tous les ports disponibles. Menu Analyse 7.6.1 Analyse Lorsque vous cliquez sur « Analysis » (Analyse), la fenêtre «...
  • Page 118 Interface utilisateur d’analyse Auto-shrink Cochez « Auto-shrink window » (Réduire window (Réduire automatiquement la fenêtre) pour réduire la automatiquement fenêtre lorsqu’elle n’est pas utilisée. Passez le la fenêtre) : curseur sur la fenêtre pour l’agrandir de nouveau. Organisation de l’espace de travail Chaque fois que vous démarrez une nouvelle analyse, ses fenêtres sont disposées de façon à...

  • Page 119: Quantification

    Interface utilisateur d’analyse Show Permet d’afficher l’analyse sélectionnée. (Afficher) : Hide Permet de masquer l’analyse sélectionnée. (Masquer) : Remove Permet de supprimer totalement l’analyse Analysis… sélectionnée. Cela signifie que tous les (Supprimer paramètres de normalisation ou la l’analyse...) : configuration des groupes de fusion dans l’analyse seront perdus.

  • Page 120: Courbe Étalon

    Interface utilisateur d’analyse Rapports Reports « Reports » (Rapports) permet d’ouvrir la (Rapports) : fenêtre « Report Browser » (Navigateur de rapports) dans laquelle vous pouvez générer un rapport de l’analyse en cours. Vous avez 3 options : rapport standard, rapport complet et rapport concis.
  • Page 121 Interface utilisateur d’analyse En cliquant sur la ligne de seuil et en la faisant glisser dans la fenêtre principale, vous pouvez recalculer les valeurs de la courbe étalon de façon dynamique au fur et à mesure que le niveau de seuil change. Sur la courbe, les points bleus représentent les échantillons qui ont été...
  • Page 122 Interface utilisateur d’analyse Efficiency Il s’agit de l’efficacité de la réaction dans le (Efficacité) : cycle d’exécution. Cette valeur est abordée plus en détails page 7-34. Valeur R La valeur R est le pourcentage des (coefficient de données qui illustrent l’hypothèse selon corrélation) : laquelle les étalons forment une courbe étalon.
  • Page 123 Interface utilisateur d’analyse Overlay Lorsque vous réalisez plusieurs cycles (Superposer) : d’exécution de quantification au cours d’un même cycle, il est possible de superposer les courbes étalons dans la même fenêtre. C’est utile pour un affichage graphique de la différence entre les différents seuils.
  • Page 124 Interface utilisateur d’analyse Importer la courbe L’importation d’une courbe étalon permet d’estimer les concentrations lorsqu’aucune courbe étalon n’est disponible dans un cycle d’exécution spécifique et que l’efficacité de la réaction n’a pas changé entre 2 cycles d’exécution. Vous pouvez importer les courbes à partir d’un autre canal ou d’un autre cycle d’exécution en cliquant sur «...
  • Page 125 Interface utilisateur d’analyse Dans cette fenêtre, vous pouvez importer une courbe étalon à partir d’un autre canal analysé dans le cycle d’exécution en cours ou à partir d’un autre cycle d’exécution. Current Run Lorsque cette option est cochée, les (Cycle analyses de quantification sur d’autres d’exécution canaux dans ce cycle d’exécution sont...
  • Page 126 Interface utilisateur d’analyse From External Dans cette zone, les valeurs M et B peuvent Source (À partir être saisies directement. C’est utile si les d’une source valeurs proviennent d’une source externe externe) : comme un tableur Excel. Calcul de C Invert raw data Certains produits génèrent un signal (Inverser les...
  • Page 127 Interface utilisateur d’analyse Threshold (Seuil) Pour définir le seuil, cliquez sur l’icône (grille avec une flèche rouge) puis cliquez sur le graphique en maintenant le bouton enfoncé et faites glisser la ligne jusqu’au niveau souhaité. Vous pouvez aussi saisir une valeur log. Vous pouvez également utiliser «...
  • Page 128 Interface utilisateur d’analyse Auto-Find Cette fonction permet de parcourir la zone Threshold sélectionnée du graphique afin de trouver (Trouver un paramètre de seuil qui donne des automatiquement estimations optimales des concentrations le seuil) : données. La zone sélectionnée peut être modifiée en saisissant de nouvelles limites supérieure et inférieure dans les zones de texte qui apparaissent.
  • Page 129 Interface utilisateur d’analyse to Excel » (Exporter vers Excel) pour exporter le tableau vers Excel. Excel s’ouvre automatiquement. Pour copier les données dans un tableur existant, choisissez l’option « Copy » (Copier), ouvrez le tableur puis sélectionnez « Paste » (Coller). La fenêtre «...
  • Page 130 Interface utilisateur d’analyse NEG (R.Eff) : L’augmentation globale de la fluorescence ne satisfait pas aux conditions définies dans la fonction « Reaction efficiency threshold » (Seuil d’efficacité de la réaction) du menu « Outlier Removal » (Suppression des aberrations) (voir ci-après). Les échantillons qui ne présentent pas une certaine efficacité...
  • Page 131 Interface utilisateur d’analyse Rep. Calc. Plage de concentrations qui représente 95 % Conc. 95% de la variation dans l’échantillon individuel ainsi C.I. (IC 95 % que modèle de régression linéaire sur lequel conc. calc. elle se base. Une interprétation de cette mesure rép.) : consiste à...
  • Page 132 Interface utilisateur d’analyse Important : Afin d’assurer un rapport et une traçabilité sans failles, si une valeur C est exclue automatiquement, la colonne « Ct Comment » (Commentaire Ct) ne doit jamais être masquée. Vous devez activer manuellement la colonne «...
  • Page 133 Interface utilisateur d’analyse Sur cette capture d’écran, les concentrations de plusieurs échantillons sont analysées. IMPORTANT : La fonctionnalité « AutoStat » (Stat. auto) dépend du contexte. Autrement dit, dans la mesure du possible, elle ne génère des informations que si c’est pertinent. Par exemple : Il n’est pas possible d’obtenir un intervalle de confiance ...

  • Page 134: Normalisation Du Tube Dynamique

    Interface utilisateur d’analyse de 4 copies car c’est le milieu de la série de dilutions. Mais la moyenne arithmétique est de 6,75. La moyenne géométrique est de (1*2*8*16)^(1/4) = 4 copies. Normalisation du tube dynamique L’option « Dynamic Tube » (Tube dynamique) est sélectionnée par défaut, elle permet de déterminer le bruit de fond moyen de chaque échantillon juste avant le début de l’amplification.
  • Page 135 Interface utilisateur d’analyse vous sélectionnez cette option en cliquant sur le bouton « Slope Correct » (Pente correcte), vous pouvez améliorer les données par rapport aux réplicats si les lignes de base des échantillons présentent une pente nette. La correction de la pente du bruit améliore les données si vous constatez que les bruits de fond des données brutes présentent une pente ascendante ou descendante avant le point de hausse (C...
  • Page 136 Interface utilisateur d’analyse premier) car l’algorithme de normalisation aura davantage de données à utiliser. Suppression des aberrations Pour distinguer les variations mineures dans la fluorescence des vraies réactions dans les contrôles sans matrice (no template control, NTC), 2 mesures sont proposées : « NTC Threshold »...
  • Page 137 Interface utilisateur d’analyse NTC Threshold Cela permet d’exclure de l’analyse les (Seuil NTC) : échantillons ou les NTC qui présentent une légère déviation ascendante. Aucun des échantillons présentant une variation inférieure au « NTC Threshold » (Seuil NTC) ne sera rapporté et un indicateur «...
  • Page 138 Interface utilisateur d’analyse Les recherches actuelles ne sont pas concluantes quant aux niveaux précis d’efficacité nécessaire pour distinguer les vraies réactions d’une contamination et d’autres effets. Par conséquent, nous recommandons d’utiliser cette fonctionnalité avec la plus grande prudence, en supposant qu’un échantillon ayant une vraie réaction affichera une phase exponentielle visible avec une augmentation de la fluorescence.
  • Page 139 Interface utilisateur d’analyse Pente, amplification, efficacité de la réaction Vous pouvez utiliser la pente (M) d’une réaction (illustrée dans la fenêtre « Standard Curve » [Courbe étalon]) pour déterminer l’amplification exponentielle et l’efficacité d’une réaction à l’aide des calculs suivants : Amplification exponentielle = 10 (-1/M) Efficacité...

  • Page 140: Fenêtre Principale

    Interface utilisateur d’analyse Le point d’intersection peut changer d’un cycle d’exécution à l’autre, c’est une mesure moins stable que le gradient. Ainsi le gradient est analysé plus fréquemment que le point d’intersection. Fenêtre principale La fenêtre principale affiche les tracés d’amplification sur une échelle logarithmique.

  • Page 141: Deux Courbes Étalons

    Interface utilisateur d’analyse 7.6.3 Deux courbes étalons Vous pouvez réaliser une analyse de l’expression génétique relative à l’aide d’un gène de normalisation grâce à la méthode à 2 courbes étalons. Cette méthode nécessite une courbe étalon pour chaque gène. La concentration pour chaque gène est quantifiée selon sa courbe étalon.
  • Page 142 Interface utilisateur d’analyse 1. Dans la fenêtre « Analysis » (Analyse), sélectionnez l’onglet « 2 Std Curve (Rel.) » (2 courbes étalons [Rel.]). Cliquez sur « New Analysis... » (Nouvelle analyse...). 2. Saisissez un nom pour l’analyse. 3. Désignez les pages utilisées pour l’analyse du gène de normalisation et l’analyse du gène d’intérêt.
  • Page 143 Interface utilisateur d’analyse sur laquelle a été quantifié le gène d’intérêt. Répétez la procédure pour le gène de normalisation. Vous pouvez également définir un étalon. Si vous choisissez cette option, une valeur de 1 est attribuée à l’étalon et toutes les autres concentrations d’échantillons sont calculées par rapport à...
  • Page 144 Interface utilisateur d’analyse Une fois les sélections effectuées, les options sont cochées comme illustré ci-dessous. 4. Cliquez sur le bouton « Reports » (Rapports) pour afficher « Report Browser » (Navigateur rapports). Sélectionnez l’analyse portant le nom qui convient dans la liste.
  • Page 145 Interface utilisateur d’analyse 5. Les concentrations issues des courbes étalons du gène d’intérêt (Conc. GOI) et du gène de normalisation (Conc. norm.) ainsi que la concentration relative (Conc. relative) apparaissent. Les résultats peuvent être enregistrés dans un fichier Word. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 7-41...

  • Page 146: Quantification Relative Delta Delta C

    Interface utilisateur d’analyse Les valeurs Rel. min. et Rel. max. sont générées en calculant l’écart-type du quotient à partir des écarts-types du gène d’intérêt et du gène de normalisation suivant la formule ci-dessous : relconc Norm ���� �������� ���� ������������ ��������...
  • Page 147 Interface utilisateur d’analyse Quantitation » (Quantification relative delta delta CT). Sélectionnez « New Analysis » (Nouvelle analyse). 3. Saisissez un nom pour l’analyse. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 7-43...
  • Page 148 Interface utilisateur d’analyse 4. Vous devez cocher « Validation Run Performed » (Cycle d’exécution de validation effectué) pour procéder à l’analyse. Définissez les pages sur lesquelles le gène d’intérêt et le gène de normalisation ont été analysés. 5. Cliquez sur le bouton « Reports » (Rapports) pour afficher «...
  • Page 149 Interface utilisateur d’analyse liste. Cliquez sur le bouton « Show » (Afficher) pour afficher le rapport de quantification relative. L’option « Export » (Exporter) permet d’exporter les résultats dans un nouveau tableur Excel. Si un étalon est inclus, les résultats sont relatifs à l’échantillon étalon, qui a une valeur de 1.

  • Page 150: Analyse De La Courbe De Fusion

    Interface utilisateur d’analyse 7.6.5 Analyse de la courbe de fusion L’analyse de la courbe de fusion permet d’analyser le dérivé des données brutes après un lissage. Cette analyse est communément utilisée pour le génotypage et la discrimination allélique. Les pics de la courbe sont regroupés et tous les pics inférieurs au seuil sont éliminés.
  • Page 151 Interface utilisateur d’analyse Flip sign of Avant de définir les pics, assurez-vous dF/dT (Inverser que le signe dF/dT est correct pour que le signe la série de données donne des pics dF/dT) : positifs. Définition des Dans une analyse de la courbe de fusion, pics : les pics peuvent être définis et rapportés à...
  • Page 152 Interface utilisateur d’analyse Remarque : Les groupes ne doivent pas être positionnés visuellement pour estimer les positions des pics. Définissez les groupes dans la zone d’intérêt approximative, puis utilisez les valeurs réelles rapportées dans le tableau de résultats pour un résultat plus précis. Peak Bins Pour définir un groupe, cliquez sur le (Groupes de pics) :...

  • Page 153: Génotypes

    Interface utilisateur d’analyse Résultats Permet d’afficher la fenêtre « Melt Curve Results » (Résultats de la courbe de fusion) qui indique les pics des échantillons. Génotypes Cliquez sur « Genotypes… » (Génotypes) puis sélectionnez les génotypes, comme indiqué ci-dessous. Cette fenêtre permet d’attribuer les génotypes selon l’incidence des pics dans les groupes.

  • Page 154: Quantification Comparative

    Interface utilisateur d’analyse pour chacun des canaux. Les résultats sont ensuite présentés dans un rapport multiple. Modèles d’analyse de fusion Les modèles d’analyse de fusion permettent à l’utilisateur d’exporter les paramètres de normalisation, de seuil, de génotype et de groupes dans un même fichier *.met. Ce fichier peut être importé...
  • Page 155 Interface utilisateur d’analyse Les premières colonnes de la fenêtre « Comparative Quantitation Results » (Résultats quantification comparative) affichent le numéro et le nom de l’échantillon. La colonne « Takeoff » (Hausse) indique le point de hausse de l’échantillon. Le deuxième dérivé du tracé d’amplification produit des pics correspondant au point maximal de l’augmentation de la fluorescence dans la réaction.
  • Page 156 Interface utilisateur d’analyse importante, plus l’intervalle de confiance sera important (il est indiqué par la valeur après le signe ±). L’intervalle de confiance, pour un numéro d’échantillon (N) important, donne une probabilité de 68,3 % que l’amplification réelle des échantillons reste dans cette plage (1 écart-type).

  • Page 157: Discrimination Allélique

    Interface utilisateur d’analyse Le logiciel calcule les concentrations relatives comme suit : 1. Le point de hausse de chaque échantillon est calculé au regard des pics du deuxième dérivé. 2. L’augmentation moyenne dans les données brutes 4 cycles après la hausse est calculée. Il s’agit de la valeur d’amplification pour l’échantillon.
  • Page 158 Interface utilisateur d’analyse indique qu’ils seront tous utilisés dans une analyse. Pour retirer un ou plusieurs de ces canaux, faites un clic droit sur l’analyse puis sélectionnez « Remove Analysis... » (Supprimer l’analyse...). Ces canaux peuvent ensuite être inclus à une autre analyse de discrimination allélique.
  • Page 159 Interface utilisateur d’analyse Génotypes : Permet d’ouvrir la fenêtre « Genotyping » (Génotypage), qui est utilisée pour définir le génotype détecté dans chaque canal. Cette fenêtre permet d’attribuer les génotypes aux canaux pour l’analyse de discrimination allélique. Dans l’exemple ci-dessous, un échantillon est hétérozygote si les valeurs dans les canaux Cycling A.Green (Cycle A.

  • Page 160: Analyse Du Graphique À Points

    Interface utilisateur d’analyse 7.6.8 Analyse du graphique à points L’analyse du graphique à points permet le génotypage d’après l’expression relative des tracés d’amplification sur 2 canaux. Contrairement à la discrimination allélique, le génotype est déterminé en fonction des régions définies d’après le graphique à...
  • Page 161 Interface utilisateur d’analyse Options de Diverses options sont proposées pour normalisation : optimiser la normalisation des tracés des données brutes : Tube dynamique (Normalisation du  tube dynamique) Pente correcte (Correction de la pente  du bruit) Ignore first (Ignorer premier) x cycles ...
  • Page 162 Interface utilisateur d’analyse Graphique Le graphique à points affiche l’expression à points : relative des 2 canaux sélectionnés. L’affichage est normalisé pour montrer les multiples augmentations dans chaque canal et log transformé pour accentuer les différences d’expression entre les échantillons. Pour procéder au génotypage, l’utilisateur définit des régions en cliquant sur une sélection et en la faisant glisser sur le...

  • Page 163: Analyse Finale

    Interface utilisateur d’analyse 7.6.9 Analyse finale L’analyse finale permet de distinguer les échantillons amplifiés des échantillons non amplifiés en fin de cycle d’exécution. Les résultats sont qualitatifs (positifs/négatifs), pas quantitatifs. L’analyse finale est illustrée sur la capture d’écran ci-dessous. L’analyse finale est similaire à la discrimination allélique car les résultats sont qualitatifs et les noms peuvent être attribués à...
  • Page 164 Interface utilisateur d’analyse Termes utilisés dans une analyse finale Certains des termes utilisés dans une analyse finale sont expliqués ci-dessous. Contrôle positif : Échantillon connu pour amplifier. Contrôle négatif : Échantillon connu pour ne pas amplifier. Il représente le signal de bruit de fond type. Seuil : Le seuil est un niveau de signal au-delà...

  • Page 165: Configuration Du Profil

    Interface utilisateur d’analyse Configuration du profil Pour procéder à une analyse finale, effectuez un profil avec un maintien à 50 ºC pendant plusieurs minutes puis un cycle à 1 étape (50 ºC pendant 10 secondes), en faisant l’acquisition sur le canal requis. Définissez le nombre de répétitions sur 5, comme indiqué...
  • Page 166 Interface utilisateur d’analyse canaux en passant dessus le pointeur de la souris puis cliquez sur « Show » (Afficher). Définir les contrôles Lorsque vous ouvrez une analyse finale pour la première fois, le message suivant apparaît si les contrôles positifs et négatifs n’ont pas été...
  • Page 167 Interface utilisateur d’analyse Remarque : Pour pouvoir procéder à l’analyse, vous devez définir les contrôles sur « on » (activé) à l’aide du bouton bascule à droite de la fenêtre principale. Cet écran fonctionne comme la fenêtre « Edit Samples » (Modifier les échantillons) (Section 6.1.4).
  • Page 168 Interface utilisateur d’analyse 2. Tous les contrôles négatifs sont analysés et celui dont le niveau de fluorescence est minimal est défini sur 0 %. 3. Les valeurs de fluorescence brutes des échantillons restants sont mises à l’échelle par rapport au contrôle positif le plus élevé...
  • Page 169 Interface utilisateur d’analyse Remarque : Selon contrôles positifs négatifs sélectionnés, possible d’atteindre niveaux d’expression supérieurs à 100 % ou inférieurs à 0 %. Pour un résultat supérieur à 100 %, on peut supposer que l’échantillon est exprimé plus fortement que les contrôles positifs. Pour un résultat inférieur à...
  • Page 170 Interface utilisateur d’analyse Si une position de tube est un contrôle positif pour au moins un canal, elle doit être spécifiée comme un contrôle positif dans la colonne « Type » de la fenêtre « Edit Samples » (Modifier les échantillons). Sinon, son type doit être « Sample » (Échantillon).
  • Page 171 Interface utilisateur d’analyse Génotypes Cette option permet d’ouvrir la fenêtre « Genotyping » (Génotypage), qui est utilisée pour définir le génotype détecté dans chaque canal. Cette fenêtre permet d’attribuer les génotypes aux canaux. Dans l’exemple ci-dessus, un échantillon est hétérozygote si les valeurs dans les canaux Cycling A.Green (Cycle A.

  • Page 172: Analyse De Concentration

    Interface utilisateur d’analyse 7.6.10 Analyse de concentration L’analyse de concentration permet d’utiliser le Rotor-Gene Q MDx pour mesurer les concentrations en ADN ou obtenir les valeurs du fluorimètre. La capture d’écran ci-dessous montre cette analyse. Préparation d’un cycle d’exécution Pour procéder à une analyse de concentration, commencez par préparer les étalons et les échantillons de fluorescence, idéalement en triple.
  • Page 173 Interface utilisateur d’analyse d’ADN utilisés dans la détection par fluorescence sont uniquement linéaires dans la plage 1–100 ng/µl. Dans cette plage, si la concentration en ADN est réduite de moitié, la valeur de fluorescence l’est également. Les intervalles de confiance pour une concentration hors de cette plage sont très larges compte tenu de la non-linéarité...
  • Page 174 Interface utilisateur d’analyse Remarque : Veillez à analyser un contrôle positif, comme un étalon à forte concentration, dans la position de tube 1. Sans un contrôle positif, le logiciel est incapable d’optimiser les paramètres de gain pour une sensibilité maximale. Vous verrez une invite en ce sens avant chaque cycle d’exécution.

  • Page 175: Analyse De Fusion Haute Résolution

    Interface utilisateur d’analyse des valeurs par rapport au modèle linéaire. Si les valeurs de concentration sont linéaires, il s’agit de l’analyse la plus adaptée car elle fournit une analyse statistique de variation (ANOVA) à l’utilisateur. Le « Spline Curve Fit » (Ajustement de la courbe spline) suppose uniquement que les valeurs de concentration augmentent avec la fluorescence.
  • Page 176 Interface utilisateur d’analyse L’appel automatique des échantillons se fait en cliquant sur « Genotypes » (Génotypes). Saisissez le nom du génotype suivi du numéro de l’échantillon, qui est utilisé comme contrôle positif pour appeler automatiquement les échantillons inconnus. Pour plus de détails sur l’analyse HRM, voir la section 11. 7-72 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 177: Menu De Cycle D'exécution

    Interface utilisateur d’analyse Menu de cycle d’exécution 7.7.1 Démarrer le cycle d’exécution Cette option permet de démarrer le profil de température défini avec les paramètres de gain actuels. Avant que le cycle d’exécution démarre, la fenêtre « Profile Run Confirmation » (Confirmation cycle d’exécution de profil) apparaît.

  • Page 178: Arrêter Le Cycle D'exécution

    Interface utilisateur d’analyse 7.7.3 Arrêter le cycle d’exécution Si vous sélectionnez cette option, une invite vous demande de confirmer que le cycle d’exécution doit être arrêté. Menu d’affichage 7.8.1 Paramètres de cycle d’exécution Général Cette fenêtre permet de configurer les informations sur le cycle d’exécution, le nom de fichier du cycle d’exécution, la date d’analyse, l’opérateur et toutes remarques pertinentes.
  • Page 179 Interface utilisateur d’analyse Options de la machine Cet onglet affiche les paramètres destinés à la configuration du Rotor-Gene Q MDx. Le rotor défini doit être celui qui est installé dans le Rotor-Gene Q MDx. Si vous ouvrez un cycle d’exécution existant, ce paramètre concerne le rotor qui était installé...
  • Page 180 Interface utilisateur d’analyse Canaux Si vous configurez un nouveau cycle d’exécution, l’onglet des canaux affiche la configuration actuelle des canaux disponibles. Si vous affichez un cycle d’exécution existant, les informations affichées représentent la configuration des canaux au moment où le cycle a été effectué. Si un cycle d’exécution corrompt les paramètres des canaux, vous pouvez restaurer les canaux par défaut en cliquant sur «...
  • Page 181 Interface utilisateur d’analyse Gain : Indique le gain pour ce canal en particulier. Create New… Cette fonctionnalité permet la création (Créer de nouveaux canaux. Cliquez sur « Create nouveau...) : New… » (Créer nouveau...) pour ouvrir une fenêtre qui vous demande un nouveau nom, une nouvelle source et un nouveau filtre de détection.

  • Page 182: Graphique De Température

    Interface utilisateur d’analyse Remarque : Si les fichiers *.rex sont envoyés par courriel, le processus de chiffrement peut invalider la signature. Pour éviter cela, zippez le fichier avant de l’envoyer. 7.8.2 Graphique de température Sélectionnez « Temperature Graph » (Graphique température) dans le menu «...

  • Page 183: Progression Du Profil

    Interface utilisateur d’analyse Utilisez la barre de défilement pour faire défiler la fenêtre « Temperature » (Température). 7.8.3 Progression du profil Sélectionnez « Profile Progress » (Progression du profil) dans le menu « View » (Affichage) ou cliquez sur le bouton « Progress » (Progression) pour ouvrir la fenêtre «...

  • Page 184: Modifier Les Échantillons

    Interface utilisateur d’analyse Skip (Ignorer) : « Skip » (Ignorer) permet de sauter des étapes du profil. Add 5 Cycles « Add 5 Cycles » (Ajouter 5 cycles) permet (Ajouter d’ajouter 5 répétitions à l’étape du cycle 5 cycles) : en cours.

  • Page 185: Onglet Standard

    Interface utilisateur d’analyse échantillons comme modèle pour une utilisation ultérieure. L’extension de ces fichiers de modèles est *.smp. Le menu Edit (Modifier) permet de copier et coller des lignes. Le menu Security (Sécurité) permet de verrouiller les définitions d’échantillons. Onglet Standard Ce menu déroulant permet de choisir un format adapté...
  • Page 186 Interface utilisateur d’analyse Bouton Importance Appuyez sur « Edit » (Modifier) pour ouvrir le sélecteur de couleurs. Vous pouvez choisir plusieurs lignes lorsque vous attribuez une couleur aux tubes. Cliquez sur « Reset Default » (Réinitialiser valeurs par défaut) pour rétablir la couleur par défaut de toutes les cellules de couleur sélectionnées.
  • Page 187 Interface utilisateur d’analyse L’icône « Copy » (Copier) permet de copier les cellules sélectionnées. L’icône « Paste » (Coller) permet de coller les cellules qui avaient été sélectionnées avec la commande Copier à la position sélectionnée sur la grille. L’icône « Excel » ouvre une boîte de dialogue qui vous invite à...
  • Page 188 Interface utilisateur d’analyse Type d’échantillon Description Aucun Aucun échantillon à cette position Contrôle sans matrice Contrôle négatif Contrôle négatif Contrôle positif Contrôle positif Inconnu Échantillon inconnu à analyser Étalon Des valeurs standard sont utilisées pour définir une courbe étalon afin de calculer des concentrations d’échantillons inconnus Étalon (RQ)
  • Page 189 Interface utilisateur d’analyse (p. ex. « Housekeeper » [Domestique]). Ce nom figurera dans les rapports. Lorsque vous visualisez les données brutes, les définitions d’échantillons utilisées pour afficher les données peuvent être sélectionnées à l’aide du menu déroulant en regard du bouton « Options » : Vous pouvez choisir la page d’échantillons à...
  • Page 190 Interface utilisateur d’analyse Conc. donnée : Permet d’afficher la concentration pour chaque étalon. Les unités peuvent être définies en nombre décimal ou en logarithme. Si les étalons sont dans une série de dilution, il suffit de saisir les 2 premiers étalons. En appuyant sur Entrée, le programme ajoute automatiquement la prochaine dilution dans l’ordre logique de la série.
  • Page 191 Interface utilisateur d’analyse Onglet Rotor Style Cet onglet de la fenêtre « Edit Samples » (Modifier les échantillons) offre un autre moyen de saisir les noms des échantillons. Sélectionnez les réplicats en cliquant sur l’image du rotor et en faisant glisser le pointeur de la souris. La liste à...
  • Page 192 Interface utilisateur d’analyse Adéquation de la page d’échantillons Pour accéder à la fenêtre « Sample Page Suitability » (Adéquation de la page d’échantillons), cliquez sur « More Options » (Plus d’options) dans la fenêtre « Edit Samples » (Modifier les échantillons) puis sur « Define Suitabilities » (Définir les adéquations).
  • Page 193 Interface utilisateur d’analyse Remarque : Lorsque vous configurez un dosage, créez toutes les pages d’échantillons et leurs adéquations puis enregistrez- les comme modèle. Cela limite la configuration requise pour chaque cycle d’exécution. Groupes Les groupes d’échantillons permettent de calculer des statistiques pour un ensemble d’échantillons arbitraire.

  • Page 194: Options D'affichage

    Interface utilisateur d’analyse 2. La fenêtre « Edit Group » (Modifier le groupe) apparaît. 3. Définissez une abréviation adaptée puis cliquez sur « OK ». L’abréviation peut ensuite être utilisée pour configurer les groupes. Des résultats groupés, comme la valeur moyenne et les intervalles de confiance de 95 %, sont calculés automatiquement pour les groupes dans n’importe quelle analyse.

  • Page 195: Protection D'accès Pour Le Logiciel Rgq

    Interface utilisateur d’analyse Show at Most 2 Si cette option est cochée, il y aura au Analysis maximum 2 fenêtres d’analyse affichées Windows à la fois. Si plusieurs fenêtres sont ouvertes, (Afficher la lisibilité peut s’en trouver compromise. 2 fenêtres En cochant cette option, vous fermez la d’analyse première fenêtre d’analyse, remplacée par...

  • Page 196: Conditions Requises

    Interface utilisateur d’analyse Le logiciel Rotor-Gene Q contient des fonctionnalités qui lui permettent de fonctionner en toute sécurité. Lorsqu’il est correctement configuré, le logiciel Rotor-Gene Q peut assurer les fonctions suivantes : Accès au Rotor-Gene Q MDx ou au logiciel d’analyse ...

  • Page 197: Configuration Pour Windows

    Interface utilisateur d’analyse faut une connexion locale ou un serveur Windows pour pouvoir utiliser les fonctionnalités de sécurité. 7.9.1 Configuration pour Windows 7 Cette section décrit la configuration du système pour exécuter le logiciel Rotor-Gene Q en toute sécurité. Pour pouvoir utiliser les fonctionnalités de sécurité, le logiciel doit être installé...
  • Page 198 Interface utilisateur d’analyse 2. Dans la fenêtre qui apparaît, sélectionnez le dossier « Users » (Utilisateurs). Faites un clic droit dans la fenêtre de droite puis sélectionnez « New User » (Nouvel utilisateur). 3. Saisissez un nom d’utilisateur et un mot de passe. Par défaut, l’utilisateur est créé...
  • Page 199 Interface utilisateur d’analyse 4. Cliquez sur « Create » (Créer). Vous pouvez à présent vous connecter en tant que cet utilisateur. Attribution des rôles à chaque utilisateur Vous devez à présent attribuer des rôles à chaque utilisateur. L’accès est réparti comme suit : Opérateur Rotor-Gene Q –...

  • Page 200: Gene Q, Il Faut Exécuter Le Logiciel Avec Des Droits

    Interface utilisateur d’analyse 1. Connectez-vous à Windows en tant qu’administrateur ou utilisez l’icône « Rotor-Gene Software Login » (Connexion au logiciel Rotor-Gene Q) pour ouvrir le logiciel et vous connecter. Remarque : Pour créer des groupes RG avec le logiciel Rotor- Gene Q, il faut exécuter le logiciel avec des droits d’administrateur.
  • Page 201 Interface utilisateur d’analyse 3. Cliquez sur « Yes » (Oui). La fenêtre « User Admin » (Administrateur d’utilisateurs) apparaît. Dans le volet supérieur, tous utilisateurs l’ordinateur apparaissent. Certains comptes sont utilisés par le système, vous ne les connaissez donc pas. Le volet inférieur affiche les groupes attribués à...
  • Page 202 Interface utilisateur d’analyse 4. Pour attribuer un groupe à un utilisateur, sélectionnez le nom de l’utilisateur dans la liste. Le volet inférieur est actualisé. Si l’utilisateur n’a aucun groupe, il ne peut lancer le logiciel. Dans l’exemple suivant, l’utilisateur « linsongy » est attribué...
  • Page 203 Interface utilisateur d’analyse 5. À présent, connectez-vous en tant que cet utilisateur. En tant qu’analyste RG, le menu de cycle d’exécution et le bouton « Profile » (Profil) n’apparaissent pas. Mais les fichiers existants peuvent être ouverts et analysés, comme indiqué...
  • Page 204 Interface utilisateur d’analyse 6. En vous connectant de nouveau en tant qu’administrateur, vous pouvez attribuer des droits d’opérateur RG à « linsongy » et supprimer de nouveau les droits d’analyste RG. Vous devez ensuite redémarrer le logiciel. Cette fois, le menu d’analyse et le bouton « Reports » (Rapports) n’apparaissent pas et le menu de cycle d’exécution est activé.

  • Page 205: Configuration Pour Windows

    Interface utilisateur d’analyse 7.9.2 Configuration pour Windows 10 Cette section décrit la configuration du système pour exécuter le logiciel Rotor-Gene Q en toute sécurité. Pour pouvoir utiliser les fonctionnalités de sécurité, le logiciel doit être installé avec l’option « Force authentication through Windows domain »...
  • Page 206 Interface utilisateur d’analyse 3. Saisissez un nom d’utilisateur et un mot de passe. Par défaut, l’utilisateur est créé avec des privilèges d’accès normaux. Autrement dit, il peut exécuter le logiciel mais pas installer de nouveaux programmes ni modifier les paramètres système. 7-102 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 207: Exécution De Plusieurs Utilisateurs Sur Un Même Ordinateur

    Interface utilisateur d’analyse 4. Cliquez sur « Create » (Créer). Vous pouvez à présent vous connecter en tant que cet utilisateur. Attribution des rôles à chaque utilisateur Vous devez à présent attribuer des rôles à chaque utilisateur. L’accès est réparti comme suit : Opérateur Rotor-Gene Q –...
  • Page 208 Interface utilisateur d’analyse pour ouvrir leur compte d’utilisateur dans le logiciel Rotor-Gene Q. 2. Saisissez le nom d’utilisateur et le mot de passe (obligatoire) dans la fenêtre qui s’ouvre. 3. Le domaine est l’ordinateur sur lequel vous êtes connecté ou le nom de votre réseau local, accompagné du nom d’hôte.

  • Page 209: Pistes D'audit

    Interface utilisateur d’analyse 7.9.4 Pistes d’audit Chaque fois qu’un fichier est enregistré par un utilisateur, les détails le concernant sont enregistrés dans « Run Settings » (Paramètres de cycle d’exécution) sous l’onglet « Messages » en tant que Security Audit Trail Summary (Résumé de la piste d’audit de sécurité) et Security Audit Trail Detail (Détail de la piste d’audit de sécurité).

  • Page 210: Run Signatures (Signatures Des Cycles D'exécution)

    Interface utilisateur d’analyse L’identifiant du compte CORIT001/RGQ User 2, S-1-5-21- 1177238915-195, apparaît dans les détails. 7.9.5 Run Signatures (Signatures des cycles d’exécution) La piste d’audit est enregistrée dans le fichier de cycle d’exécution Rotor-Gene Q. Pour éviter toute modification non souhaitée de ces fichiers, vous devez les conserver à...
  • Page 211 Interface utilisateur d’analyse La Run Signature (Signature des cycles d’exécution) est un identifiant long généré chaque fois que le fichier est enregistré et qui est lié à son contenu. Par exemple, la signature pour ce fichier est 517587770f3e2172ef9cc9bd0c36c081. Si vous ouvrez le fichier dans le Bloc-notes et y apportez une modification (p.

  • Page 212: Verrouillage D'échantillon

    Interface utilisateur d’analyse Remarque : Si les fichiers sont envoyés par courriel, le processus de chiffrement peut invalider la signature. Pour éviter cela, zippez le fichier avant de l’envoyer. 7.9.6 Verrouillage d’échantillon Il est important de s’assurer que les noms des échantillons ne soient pas modifiés accidentellement ou intentionnellement une fois qu’un utilisateur a lancé...
  • Page 213 Interface utilisateur d’analyse demanderont ensuite l’autorisation à l’administrateur pour déverrouiller des fichiers. Lorsque vous utilisez l’assistant avancé, vous pouvez verrouiller des échantillons avant de lancer un cycle d’exécution, il suffit de cliquer sur « Finish and Lock Samples » (Terminer et verrouiller les échantillons). L’avertissement suivant apparaît.

  • Page 214: Modèles Verrouillés

    Interface utilisateur d’analyse Les échantillons peuvent également être verrouillés et déverrouillés dans la fenêtre « Edit Samples » (Modifier les échantillons). Mais seul administrateur peut déverrouiller une fois qu’ils ont été verrouillés. Toute modification non autorisée apportée au fichier invalide la Run Signature (Signature des cycles d’exécution).

  • Page 215: Menu Gain

    Interface utilisateur d’analyse un lecteur réseau de ce type est protégé. Pour savoir quel modèle a été utilisé, le logiciel Rotor-Gene Q enregistre le nom du fichier de modèle qui a été exécuté. Cette information est accessible en cliquant sur le bouton « Settings » (Paramètres), qui ouvre la fenêtre «...

  • Page 216: Menu Fenêtre

    Interface utilisateur d’analyse 7.11 Menu Fenêtre Ce menu permet d’organiser les fenêtre verticalement ou horizontalement, ou de les disposer en cascade. D’autres options sont accessibles en cliquant sur la flèche à droite du bouton « Arrange » (Organiser). 7.12 Fonction d’aide Lorsque vous utilisez le bouton Help (Aide) ou le menu Help (Aide), le menu déroulant suivant s’ouvre : Table of...

  • Page 217: Envoyer Un Courriel De Support

    L’option « Send Support Email… » (Envoyer un courriel de support...) dans le menu d’aide vous permet d’envoyer un courriel de support à QIAGEN contenant toutes les informations pertinentes d’un cycle d’exécution. L’option « Save As » (Enregistrer sous) permet d’enregistrer toutes les informations dans un fichier que vous pouvez copier sur un disque ou sur un réseau si vous n’avez pas accès à...
  • Page 218 Interface utilisateur d’analyse Configurer les paramètres de courrier électronique Cliquez sur l’option « Send Support Email… » (Envoyer un courriel de support...). La fenêtre suivante s’ouvre. 1. Saisissez votre nom puis cliquez sur « Next » (Suivant). La fenêtre « Internet Email Address » (Adresse courriel sur Internet) s’ouvre.
  • Page 219 Interface utilisateur d’analyse 2. Saisissez votre adresse courriel puis appuyez sur « Next » (Suivant). La fenêtre « Email Server Names » (Noms des serveurs de messagerie) s’ouvre. 3. Sélectionnez le type de serveur de messagerie pour les messages entrants puis précisez les noms des serveurs pour les messages entrants et sortants.

  • Page 220: Configuration Dans Outlook

    Interface utilisateur d’analyse 4. Saisissez vos nom du compte et mot de passe puis sélectionnez l’option correspondante si votre serveur utilise une authentification par mot de passe sécurisé. Cliquez ensuite sur « Next » (Suivant). La fenêtre « Congratulations » (Félicitations) s’ouvre. 5.
  • Page 221 Interface utilisateur d’analyse Important : Pour éviter toute récupération de courriels pendant les cycles d’exécution de PCR, désactivez les entrées défaut l’écran « Send/Receive Messages » (Envoyer/Recevoir des messages). 3. Décochez « Send and receive messages at startup » (Envoyer et recevoir les messages au démarrage). 4.
  • Page 222 Interface utilisateur d’analyse Cette page est intentionnellement laissée vierge 7-118 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 223: Fonctions Supplémentaires

    Fonctions supplémentaires Fonctions supplémentaires Modèles d’analyse Certaines analyses requièrent de l’utilisateur qu’il définisse des seuils, des paramètres de normalisation et des paramètres de génotype. Bien souvent, ces paramètres sont réutilisés dans de multiples expériences. Les modèles d’analyse permettent à l’utilisateur d’enregistrer et réutiliser ces paramètres.

  • Page 224: Options De Mise À L'échelle

    Fonctions supplémentaires Options de mise à l’échelle Pour accéder à « Adjust Scale » (Ajuster l’échelle), cliquez sur « Adjust Scale… » (Ajuster l’échelle...) au bas de la fenêtre principale ou faites un clic droit sur le graphique puis sélectionnez « Adjust Scale… » (Ajuster l’échelle...) dans le menu qui apparaît.
  • Page 225 Fonctions supplémentaires 2. La fenêtre « Export Dialog » (Boîte dialogue d’exportation) apparaît. Sélectionnez le format souhaité dans la liste « Format ». 3. Sélectionnez l’onglet « Size » (Taille) puis indiquez la taille souhaitée. 4. Cochez la case « Keep aspect ratio » (Conserver les proportions) pour conserver les proportions correctes de l’image lorsque sa taille sera ajustée.
  • Page 226 Fonctions supplémentaires Adobe ® Illustrator ® , cela permet à l’utilisateur de créer une image de n’importe quelle résolution. Exportation du format natif Les graphiques dans le logiciel Rotor-Gene Q utilisent le composant tiers TeeChart ® développé par le logiciel Steema. Pour enregistrer un graphique au format natif, sélectionnez l’onglet «...

  • Page 227: Icône De Clé

    Fonctions supplémentaires Exportation de données Pour exporter des données en divers formats, sélectionnez l’onglet « Data » (Données) dans la fenêtre « Export Dialog » (Boîte de dialogue d’exportation). Le fichier exporté contient les points de données brutes utilisés dans le graphique. Vous pouvez aussi exporter des données brutes et des données d’analyse en sélectionnant «...
  • Page 228 Fonctions supplémentaires Adjust Scale Voir la section 8.3. (Ajuster l’échelle), Autoscale (Échelle automatique), Revert to Default Scale (Revenir à l’échelle par défaut) : Export... Permet d’enregistrer le graphique dans (Exporter...) : divers formats (voir la section 8.4). Copy Chart to Permet de copier l’image du graphique Clipboard (Copier dans le Presse-papiers.

  • Page 229: Options De La Zone Sélectionnée

    Fonctions supplémentaires Show Pinpointer Permet d’ouvrir une fenêtre qui affiche les (Afficher le coordonnées exactes de la position du réticule) : pointeur de la souris. Grouping Permet de regrouper visuellement les (Groupes) : échantillons qui ont des noms identiques. Cela peut être utile pour des cycles d’exécution sur le rotor entier.
  • Page 230 Fonctions supplémentaires Deselect These Tous les échantillons dans la zone Samples sélectionnée sont désélectionnés. (Désélectionner ces échantillons) : Zoom : Permet d’agrandir la zone sélectionnée du graphique. Cliquez sur le bouton « Default Scale » (Échelle par défaut) pour la réduire.

  • Page 231: Procédures De Maintenance

    Procédures de maintenance Procédures de maintenance Il est facile d’entretenir les performances de fonctionnement du Rotor-Gene Q MDx. Pour entretenir les performances optiques, veillez à la propreté des lentilles situées au niveau des sources d’émission et de détection. Pour ce faire, passez délicatement sur les lentilles avec un coton-tige imprégné...
  • Page 232 Procédures de maintenance En cas de contamination de la chambre du rotor, vous pouvez en nettoyer les surfaces avec un chiffon non pelucheux humidifié (pas imbibé) d’une solution à base d’eau de Javel à 0,1 % (V/V).* Passez sur la chambre un chiffon non pelucheux humidifié...

  • Page 233: Vérification De La Température Optique

    Vérification de la température optique Vérification de la température optique La vérification de la température optique (Optical Temperature Verification, OTV) est une méthode qui permet de vérifier la température interne des tubes du Rotor-Gene Q MDx. La validation de la température interne des tubes peut être une procédure importante dans les laboratoires agréés.

  • Page 234: Composants Du Rotor-Disc Otv Kit

    Vérification de la température optique OTV afin de vérifier si le Rotor-Gene Q MDx est bien dans les spécifications de température. 10.2 Composants du Rotor-Disc OTV Kit Les composants suivants sont nécessaires pour réaliser une OTV : Une trousse Rotor-Disc OTV Kit, qui comprend : ...
  • Page 235 Vérification de la température optique 3. Ouvrez l’assistant avancé en sélectionnant l’onglet « Advanced » (Avancé) dans la fenêtre « New Run » (Nouveau cycle d’exécution). Dans l’assistant avancé, cliquez sur « Instrument maintenance » (Maintenance de l’instrument) puis sur « OTV ». Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 10-3...
  • Page 236 Vérification de la température optique 10-4 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...
  • Page 237 Vérification de la température optique 4. L’assistant vous invite à saisir le numéro de série d’OTV. Ce numéro figure sur l’étiquette du OTV Rotor-Disc ou vous pouvez l’importer à partir du CD en cliquant sur « Browse » (Parcourir) puis en choisissant le fichier *.otv. Une fois le numéro saisi, cliquez sur «...
  • Page 238 Vérification de la température optique 8. Si un ajustement est requis, vous devez cliquer sur « Apply Adjustment » (Appliquer un ajustement). Vous êtes alors invité à effectuer une vérification. Une fois cette vérification terminée, plus aucun ajustement ne doit être nécessaire. Si un ajustement supplémentaire vous est demandé, contactez votre distributeur.
  • Page 239 Vérification de la température optique Cette page est intentionnellement laissée vierge Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 10-7...

  • Page 241: Analyse De Fusion Haute Résolution

    Analyse de fusion haute résolution Analyse de fusion haute résolution L’analyse de fusion haute résolution (High resolution melt, HRM) est une technique innovante basée sur une analyse de fusion de l’ADN. La HRM caractérise les échantillons d’ADN selon leur comportement de dissociation lorsqu’ils passent de l’ADN double brin (ADNdb) à...
  • Page 242 Analyse de fusion haute résolution l’ADNsb mais s’intercale activement avec l’ADNdb et devient très fluorescent une fois intercalé. Vous pouvez utiliser la variation de fluorescence pour mesurer l’augmentation de la concentration en ADN au cours de la PCR puis pour mesurer directement la fusion thermique de l’ADN par HRM.

  • Page 243: Instruments

    En outre, l’utilisation des trousses standardisées et des protocoles optimisés de QIAGEN peut * Disponible uniquement dans certains pays. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 244: Veiller À Ce Que La Pcr Contienne Uniquement Le Produit Spécifique

    Les échantillons contaminés par des artefacts post-PCR, tels que les dimères d’amorces ou les produits non spécifiques, peuvent compliquer l’interprétation des résultats de la HRM. Les trousses QIAGEN pour l’analyse HRM assurent une spécificité maximale sans optimisation requise. Utiliser une matrice de préamplification suffisante L’analyse de données de real-time PCR peut être très utile pour...

  • Page 245: Maintenir Des Concentrations D'échantillons Postamplification Similaires

    Les données de HRM de tels échantillons peuvent être non concluantes ou de faible résolution. Pour éviter les résultats non fiables, nous recommandons les trousses QIAGEN pour la préparation des échantillons et l’analyse HRM. Maintenir des concentrations d’échantillons post- amplification similaires La concentration d’un fragment d’ADN affecte sa température...

  • Page 246: Préparation Des Échantillons

    ADN et la pureté est recommandée. Nous recommandons les trousses QIAGEN pour la préparation des échantillons. Remarque : À 260 nm, une unité d’absorbance est égale à 50 µg/ml d’ADN. L’ADN pur donne un ratio de 1,8 de 260 nm à...

  • Page 247: Configuration Du Logiciel

    Analyse de fusion haute résolution 11.4 Configuration du logiciel 1. Ouvrez un nouveau fichier de cycle d’exécution en sélectionnant « New… » (Nouveau...) dans le menu File (Fichier). Dans l’assistant avancé, sélectionnez « HRM ». 2. Définissez le type de rotor (dans cet exemple, le 72-Well Rotor est utilisé).
  • Page 248 Analyse de fusion haute résolution 3. Définissez les détails du cycle d’exécution. Saisissez le nom de l’opérateur (facultatif) puis ajoutez des remarques sur l’expérience (facultatif). Sélectionnez le volume réactionnel (requis) ainsi que la disposition des échantillons souhaitée. 11-8 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...
  • Page 249 Analyse de fusion haute résolution 4. Cliquez sur le bouton « Edit Profile… » (Modifier le profil...) pour modifier les durées et les températures de la réaction. 5. Définissez une durée de maintien initiale adaptée. Cette durée dépend du type d’ADN polymérase utilisé. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 11-9...
  • Page 250 Analyse de fusion haute résolution 6. Modifiez le cycle pour correspondre à l’amplicon. 11-10 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...
  • Page 251 Analyse de fusion haute résolution 7. Veillez à acquérir les données de fluorescence. Acquérez les données sur le canal vert à la fin de l’étape de renaturation. 8. Définissez les conditions d’exécution de la HRM. Modifiez les conditions pour correspondre à l’amplicon. Prévoyez une large plage de fusion pour la première série d’expériences.
  • Page 252 Analyse de fusion haute résolution valeur de fluorescence maximale rapportée ne soit pas supérieure à 70 unités sur une échelle de 100. Notez que vous pouvez l’augmenter jusqu’à un maximum de 100. 9. Facultatif : Définissez Auto-Gain Optimisation (Optimisation du gain automatique). Elle ne s’applique qu’à...
  • Page 253 Analyse de fusion haute résolution pour le sélectionner dans la liste puis cliquez sur le bouton « Edit » (Modifier). 10. Lancez le cycle d’exécution en cliquant sur « Start Run » (Démarrer le cycle d’exécution) puis enregistrez le fichier du cycle sur votre ordinateur.
  • Page 254 Analyse de fusion haute résolution 11. Modifiez les noms des échantillons (facultatif). Vous pouvez modifier les noms des échantillons pendant ou après un cycle d’exécution. 11-14 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 255: Analyse Des Données De Real-Time Pcr

    Analyse de fusion haute résolution 11.5 Analyse des données de real-time PCR L’analyse des données de real-time PCR avant celle des données HRM présente un avantage. Les données de real- time PCR peuvent mettre en évidence les dosages mal effectués. L’identification de ces aberrations et leur élimination de l’analyse HRM suivante améliorera nettement l’efficacité...

  • Page 256: Analyse Des Données Hrm

    Analyse de fusion haute résolution Résultats de la quantification comparative. L’efficacité de la réaction apparaît dans la colonne « Amplification » comme score sur 2 (2 = efficacité de 100 %). Remarque : Si vous suspectez la présence de dimère d’amorces ou de produits non spécifiques, évaluez les réactions en délimitant un tracé...
  • Page 257 Analyse de fusion haute résolution échantillon par rapport à un contrôle sélectionné à chaque transition de température. Les tracés de différence donnent une autre vue des différences entre les transitions des courbes de fusion. Remarque : L’analyse de la courbe de fusion du premier dérivé...
  • Page 258 Analyse de fusion haute résolution apparaissent, par défaut à l’extrémité de la courbe. Les données dans les régions permettent de normaliser la fluorescence (axe des ordonnées uniquement) pour le début (Région 1) et la fin (Région 2) du tracé de fusion. Les données extérieures aux régions définies sont ignorées.
  • Page 259 Analyse de fusion haute résolution 4. Cliquez sur le bouton « Genotypes… » (Génotypes...) pour définir les génotypes. Saisissez chaque nom de catégorie de génotype puis sélectionnez un échantillon représentatif pour chaque échantillon de la liste. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 11-19...
  • Page 260 Analyse de fusion haute résolution 5. Affichez le tracé des différences en sélectionnant l’onglet « Difference Graph » (Graphique différences). Sélectionnez ensuite le génotype auquel vous voulez comparer tous les autres échantillons à l’aide du menu déroulant en haut de la fenêtre. Dans l’exemple illustré, tous les échantillons sont représentés issus d’un tracé...
  • Page 261 Analyse de fusion haute résolution modifiable. Les échantillons en deçà du seuil défini sont marqués comme variation, ils seront analysés plus avant ou de nouveau testés. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 11-21...
  • Page 262 Analyse de fusion haute résolution Cette page est intentionnellement laissée vierge 11-22 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 263: Dépannage

    QIAGEN (voir la section 7.12.1). Pour économiser de l’espace disque, seules les archives des journaux des 60 cycles d’exécution les plus récents sont conservées. Les archives des journaux plus anciennes sont écrasées par la création de nouvelles archives.
  • Page 264 Vérifiez les conditions de cycle. Vérifiez la qualité et la quantité de départ de la matrice. Nous recommandons les trousses QIAGEN pour la préparation des échantillons. Les tracés d’amplification ou de fusion sont saturés Gain défini trop haut Utilisez la « Auto-Gain Optimisation »...

  • Page 265: Erreurs Générales Liées Aux Instruments

    Dépannage 12.3 Erreurs générales liées aux instruments Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 12-3...
  • Page 266 Dépannage Message d’erreur Commentaires et suggestions Can’t open the serial port Cette erreur survient au démarrage du logiciel <COMPORT> (Impossible si ce dernier ne parvient pas à communiquer d’ouvrir le port série avec l’instrument par le port COM configuré. <PORT COM>) Elle est généralement due à...
  • Page 267 Cette erreur survient lorsque les données (Communication corrompue) provenant de l’instrument ne sont pas conformes au schéma prévu. Un spécialiste de l’entretien sur site QIAGEN doit diagnostiquer le problème au niveau de l’instrument. Veuillez contacter votre distributeur ou les services techniques de QIAGEN.
  • Page 268 A communication protocol error occurred with this run Un spécialiste de l’entretien sur site QIAGEN (Une erreur de protocole de doit diagnostiquer le problème de protocole communication est survenue...
  • Page 269 Réinitialisez l’instrument puis redémarrez le logiciel. Veuillez contacter votre distributeur ou les services techniques de QIAGEN si le problème persiste. Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018 12-7...
  • Page 270 Time out while setting the rotor speed (Délai de Un spécialiste de l’entretien sur site QIAGEN réglage de la vitesse du rotor doit diagnostiquer le problème au niveau de écoulé).
  • Page 271 Dépannage Message d’erreur Commentaires et suggestions Serial Port In Use (Port série utilisé) The serial port is currently being used by another Cette erreur survient lorsque le logiciel essaie application (Le port série de se connecter à la machine sur le port COM est utilisé...
  • Page 272 Mettez immédiatement l’instrument hors entered a self-protection tension et contactez votre distributeur ou mode (Il est donc passé en les services techniques de QIAGEN. mode d’autoprotection). Please turn off the instrument and contact your distributor if the problem persists (Mettez l’instrument hors tension puis...
  • Page 273 (Ce cycle d’exécution a été pour récupérer une erreur, en vain. arrêté car des erreurs Un spécialiste de l’entretien sur site QIAGEN machine impossibles à doit diagnostiquer le problème au niveau de corriger ont été détectées).

  • Page 274: Messages Du Logiciel Rotor-Gene Q

    Dépannage 12.4 Messages du logiciel Rotor-Gene Q Voici une liste de messages d’utilisation, d’avertissement et autres susceptibles de s’afficher dans le logiciel Rotor-Gene Q lors de l’utilisation du matériel et du logiciel. Toute partie du message qui est variable, comme les descriptions d’erreurs caractéristiques, est indiquée entre parenthèses (p.
  • Page 275 Dépannage Énoncé du message Could not save to run because some data on the form was invalid (Impossible d’enregistrer le cycle d’exécution car certaines données du formulaire ne sont pas valides). Please check your entries then try again (Vérifiez vos saisies puis réessayez). Couldn’t save file (Impossible d’enregistrer le fichier).
  • Page 276 Dépannage Énoncé du message Please type valid number of times to repeat (Veuillez saisir un nombre de répétitions valide). It should be more than 0 (Il doit être supérieur à 0). Problem encountered while updating log data (Problème rencontré lors de l’actualisation des données du journal).
  • Page 277 Dépannage Énoncé du message The machine will now be cooled to <TEMPERATURE> degrees (La machine va à présent refroidir jusqu’à <TEMPÉRATURE> degrés). The chamber and surfaces will still be very hot when opening the machine (La chambre et les surfaces seront toujours très chaudes à l’ouverture de la machine). Please exercise due caution and wear protective gloves if touching any of the surfaces or tubes (Procédez avec prudence et portez des gants de protection pour toucher les surfaces ou les tubes).
  • Page 278 Dépannage Énoncé du message This run file was created in a more recent version of the Rotor-Gene software (Ce fichier du cycle d’exécution a été créé dans une version plus récente du logiciel Rotor-Gene). Certain aspects of the run may not load correctly (Il se peut que certains aspects du cycle d’exécution ne se chargent pas correctement).
  • Page 279 Dépannage Énoncé du message You cannot stop the program while the run is in progress (Vous ne pouvez pas arrêter le programme pendant le cycle d’exécution). You have insufficient rights to use the software (Vos droits ne vous permettent pas d’utiliser le logiciel). Please contact the domain administrator to set up groups (Contactez l’administrateur de domaine pour définir des groupes).
  • Page 280 Dépannage Énoncé du message The temperature you entered was not saved because it was outside the range of the machine (La température saisie n’a pas été enregistrée car elle était hors de la plage de la machine). Enter a valid temperature (Saisissez une température valide).
  • Page 281 Dépannage Messages liés à l’OTV You must enter a valid OTV serial number to perform the run (Vous devez saisir un numéro de série d’OTV valide pour effectuer un cycle d’exécution). This temperature verification file has been corrupted (Ce fichier de vérification de la température a été...
  • Page 282 Dépannage You have selected multiple channels for analysis (Vous avez sélectionné plusieurs canaux pour l’analyse). This analysis technique only allows single channels to be analysed (Cette technique d’analyse ne permet d’analyser qu’un seul canal). Messages liés aux mesures de concentration Concentration Measurement performs auto-gain optimisation on the first rotor position (La mesure de la concentration effectue l’optimisation du gain automatique sur la première position du rotor).
  • Page 283 Dépannage High resolution melts are not supported on this instrument (Les fusions haute résolution ne sont pas prises en charge sur cet instrument). Please contact your distributor for more information (Contactez votre distributeur pour plus d’informations). Messages liés à l’analyse de fusion The genotypes can not be defined until bins have been placed (Les génotypes ne peuvent être définis avant la mise en place des groupes).
  • Page 284 Dépannage Cette page est intentionnellement laissée vierge 12-22 Manuel d’utilisation du Rotor-Gene Q MDx 5plex HRM (CA) 05/2018...

  • Page 285: Glossaire

    Glossaire Glossaire Terme Description Acquisition L’acquisition est la collecte de données de fluorescence. Chaque acquisition (série de données de fluorescence) d’un canal apparaît dans le logiciel sous forme de données non analysées dans une fenêtre « Raw channel » (Canal brut). Vous pouvez analyser ces données à...
  • Page 286 Glossaire Terme Description Locking Ring Les Locking Rings sont des anneaux métalliques qui s’ajustent au rotor pour empêcher les tubes et les bouchons de se détacher lors du fonctionnement du Rotor-Gene Q MDx. Les bouchons et les tubes qui se détachent peuvent endommager l’instrument.

  • Page 287: Données Techniques

    Annexe A Annexe A Données techniques QIAGEN se réserve le droit de modifier des spécifications à tout moment. Conditions ambiantes Conditions de fonctionnement Alimentation 100–240 V CA, 50–60 Hz, 520 VA (pic) Consommation propre 60 VA (en veille) Les variations de tension de l’alimentation secteur ne doivent pas excéder 10 % des tensions...

  • Page 288: Conditions De Transport

    Annexe A Conditions de transport Température de l’air -25 à 60 ºC dans l’emballage du fabricant Humidité relative 75 % max (sans condensation) Catégorie 2K2 (CEI 60721-3-2) environnementale Conditions de stockage Température de l’air 15 à 30 ºC dans l’emballage du fabricant Humidité...

  • Page 289: Spécifications Thermiques

    Annexe A Spécifications thermiques Description Spécification Plage de température 35 à 99 ºC Précision de température ±0,5 ºC Résolution de température ±0,02 ºC (incrément minimal programmable) ±0,02 °C (écart-type) Uniformité de température Spécifications optiques Description Spécification Sources d’excitation Diodes électroluminescentes haute puissance Détecteur Photomultiplicateur...

  • Page 290: Déclaration Fcc

    Annexe A Déclaration FCC L’USFCC (United States Federal Communications Commission – Commission des communications fédérales des États-Unis) a déclaré (dans 47 CRF 15. 105) que les utilisateurs de ce produit doivent être informés des faits et circonstances suivants. « Ce dispositif est conforme à la partie 15 de la FCC : Son utilisation est soumise aux deux conditions suivantes : (1) ce dispositif ne doit pas provoquer d’interférences dangereuses et (2) ce dispositif doit accepter toutes les interférences reçues,...
  • Page 291 à la fixation de câbles et d’un équipement de connexion par d’autres moyens que ceux spécifiés par QIAGEN GmbH Germany. La correction des interférences provoquées par une telle modification non autorisée, une telle substitution ou un tel raccordement incombe à l’utilisateur.

  • Page 292: Déchets D'équipements Électriques Et Électroniques (Deee)

    équipements électroniques portant la mention DEEE en Europe. Si un produit de remplacement n’est pas acheté chez QIAGEN, le recyclage peut être effectué sur demande moyennant un coût supplémentaire. Pour le recyclage des équipements électroniques, contactez l’agence commerciale QIAGEN locale pour obtenir le formulaire de renvoi nécessaire.

  • Page 293: Intervalles De Confiance Pour Les Concentrations Calculées

    Annexe B Annexe B Cette annexe décrit plus détails techniques mathématiques appliquées. Quantification Les concentrations calculées sont obtenues par un simple modèle de régression linéaire, avec les valeurs connues : les concentrations log (x), et les valeurs issues de l’expérience : les valeurs C (y).

  • Page 294: Intervalles De Confiance Pour Les Valeurs C

    Annexe B Cette formule indique comment sont déterminés les intervalles de confiance pour les concentrations des inconnues répliquées. Pour une estimation des étalons, vous pouvez obtenir un intervalle de confiance plus serré : L’implication de cette formule est que l’ajout de réplicats à une concentration individuelle standard réduit la largeur de l’intervalle pour toutes les estimations, avec l’augmentation de n.
  • Page 295 Annexe C Annexe C Produits, accessoires et consommables Rotor-Gene Q MDx Produit Table des matières N° de réf. Rotor-Gene Q Instrument de real-time PCR et analyseur 9002370 MDx 5plex HRM de fusion haute résolution à 5 canaux (vert, (CA) jaune, orange, rouge et pourpre) et avec canal HRM, ordinateur portable, logiciel, accessoires, garantie 1 an pièces et main- d’œuvre...
  • Page 296 Annexe C Produit Table des matières N° de réf. Rotor-Disc Aide au marquage des puits pendant la 9018897 Pipetting Aid préparation de la réaction manuelle sur un Rotor-Disc Loading Block Rotor-Disc Heat Instrument de thermoscellage à utiliser 9018898 Sealer avec les Rotor-Discs; nécessite le Rotor-Disc 72 ou le 100 Loading Block Rotor-Disc Heat 60 films pour l’étanchéité...
  • Page 297 Annexe C Produit Table des matières N° de réf. Strip Tubes and 10 × 250 bandes de 4 tubes avec 981106 Caps, 0.1 ml bouchons pour 10 000 réactions (2500) 72-Well Rotor Pour maintenir les Strip Tubes and Caps, 9018903 0.1 ml;...
  • Page 298 Pour obtenir des informations actualisées et les clauses de non-responsabilité spécifiques aux produits, consultez le manuel de la trousse ou le manuel d’utilisation QIAGEN correspondant. Les manuels des trousses et les manuels d’utilisation QIAGEN sont disponibles sur www.qiagen.com ou peuvent être demandés aux services techniques QIAGEN...

  • Page 299: Clause De Responsabilité

    Annexe D Annexe D Clause de responsabilité QIAGEN sera dégagé de toute obligation au titre de sa garantie au cas où des réparations ou des modifications seraient effectuées par d’autres personnes que son propre personnel, à l’exception de cas où la société a donné son accord écrit pour effectuer de telles réparations ou...
  • Page 300 Mises à jour de la configuration de sécurité des ordinateurs portables fournis par QIAGEN • Détails du mot de passe pour le nouveau compte d’administrateur qui est à présent préinstallé sur tous les nouveaux ordinateurs portables QIAGEN • Informations sur la création des comptes d’utilisateur dans Windows 7 •...
  • Page 301 Index Index Accessoires, 4-8, 1 Calcul de CT, 7-22 Acquisition, 6-16 Canaux, 3-4, 7-76 Adéquations, 7-88 Canaux bruts, 7-1 Affichage des concentrations, 7-81 Coefficient de corrélation, 7-18 Aide Commentaire Ct, 7-25 À propos de ce logiciel, 7-113 Conditions Démo virtuelle, 7-113 de fonctionnement, 1-5 Envoyer un courriel de support, 7- Correction de la pente du bruit, 7-30, 7-...
  • Page 302 Index Deux étapes, 6-2, 6-9 matériel, 5-1 Dimères d’amorce, 11-16 FRET supprimé, 6-3 Diminution, 6-15 Fusion, 6-18 Discrimination allélique, 7-53 Disposer les fenêtres, 7-112 Disposition des tubes, 7-77 Génotypes analyse de la courbe de fusion, 7-49 analyse du graphique à points, 7-57 Échantillons analyse finale, 7-60 verrouiller, 7-108...
  • Page 303 Index ajout à l’assistant de démarrage rapide, 6-3 analyse de fusion, 7-50, 8-1 LinReg analyse du graphique à points, 7-58, exportation vers, 7-10 Loading Block, 5-4 analyse finale, 7-67, 8-1 Locking Ring discrimination allélique, 7-55 36-Well Rotor, 5-2 discrimination allélique, 8-1 72-Well Rotor, 5-2 quantification, 7-36, 8-1 Rotor-Disc 100, 5-3...
  • Page 304 Index Signature, 7-106 Spécifications matériel, 2 Quantification, 7-15, 1 optiques, 3 Quantification comparative, 7-50 thermiques, 3 Quantification relative delta delta CT, 7- Stockage, 2 Style de ligne, 7-81 Support, 7-113 Suppression des aberrations, 7-32 Supprimer les cycles, 7-3 Réplicat d’étalon, 7-52 Symboles, 1-12 Réticule, 8-7 Système optique, 3-2...
  • Page 305 Utah Research Foundation, Idaho Technology, Inc., Roche Diagnostics GmbH ou toute autre partie. Ce produit ne peut être utilisé qu’avec des réactifs autorisés, tels que les trousses et dosages QIAGEN sous licence complète. Pour toute information sur l’achat de licences pour les applications de diagnostic in vitro ou les réactifs, veuillez contacter Roche Molecular Systems, 4300 Hacienda Drive, Pleasanton, CA 94588, États-Unis.
  • Page 308 Canada techservice-ca@qiagen.com  Sample & Assay Technologies 1114367FRCA 148044870 05/2018...

Table des Matières