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Qiagen PyroMark Q24 MDx Manuel D'utilisation

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Version 1
Manuel d'utilisation du
PyroMark
®
9001513
1063078FR
QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, D-40724 Hilden, ALLEMAGNE
R4
Q24 MDx
Sample & Assay Technologies
Janvier 2016

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Manuels Connexes pour Qiagen PyroMark Q24 MDx

Sommaire des Matières pour Qiagen PyroMark Q24 MDx

  • Page 1 Version 1 Janvier 2016 Manuel d’utilisation du PyroMark ® Q24 MDx 9001513 1063078FR QIAGEN GmbH, QIAGEN Strasse 1, D-40724 Hilden, ALLEMAGNE Sample & Assay Technologies...
  • Page 2 ® ® (Merck KGaA); Sepharose (GE Healthcare). Les noms enregistrés, les marques déposées etc., utilisés dans ce document, même si non mentionnés comme tels ne ® peuvent être considérés comme non protégés juridiquement. HB-0332-004 © 2011–2016 QIAGEN, tous droits réservés.

  • Page 3: Table Des Matières

    Informations de sécurité Utilisation appropriée Sécurité électrique Sécurité biologique Produits chimiques Dangers mécaniques Dangers liés à la chaleur Consommables Symboles sur le PyroMark Q24 MDx et les produits PyroMark Q24 Introduction À propos de ce manuel d’utilisation Généralités 2.2.1 Support technique 2.2.2 Déclaration de principe...
  • Page 4 5.2.3 Configuration d’un run 5.2.4 Gestion des méthodes de l’appareil Préparation des échantillons 5-10 5.3.1 Essai de fonctionnement du poste de travail sous vide PyroMark Q24 MDx 5-12 5.3.2 Amplification d’ADN 5-12 Sommaire-2 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 5 5.6.3 Vérification de l’appareil 5-35 Sauvegarde des fichiers PyroMark Q24 5-36 Maintenance Vérification des performances du PyroMark Q24 MDx 6-1 Maintenance de l’appareil PyroMark Q24 MDx 6.2.1 Nettoyage de l’appareil 6.2.2 Nettoyage de l’unité de chauffage et des guides de lumière...
  • Page 6 Annexe A Données techniques Conditions ambiantes Déchets d’équipements électriques et électroniques (DEEE) Déclaration FCC Déclaration de conformité CE Annexe B Conception et validation de l’analyse Annexe C Clause de responsabilité Index Index-1 Sommaire-4 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 7: Informations De Sécurité

    Informations de sécurité Informations de sécurité Avant d’utiliser le PyroMark Q24 MDx, il est impératif de lire attentivement ce manuel et de porter une attention particulière aux informations de sécurité. Afin de garantir un fonctionnement du système en toute sécurité et de maintenir le système en bon état de marche, il est impératif de suivre...

  • Page 8: Utilisation Appropriée

    AVERTISSEMENT Risque d’accident corporel et de détérioration du matériel Ne pas essayer de déplacer le PyroMark Q24 MDx pendant qu’il est en marche. Sécurité électrique Avant l’entretien, débrancher les cordons d’alimentation des prises de courant.

  • Page 9: Sécurité Biologique

    être sous tension et l’ouverture de capots ou le retrait de pièces risque d’exposer des éléments sous tension. Afin que le PyroMark Q24 MDx fonctionne de manière satisfaisante et en toute sécurité, suivre les conseils suivants : Les cordons d’alimentation de l’appareil doivent être ...
  • Page 10 ACGIH : American Conference of Government Industrial Hygienists (États-Unis d’Amérique) (Conférence américaine des hygiénistes industriels gouvernementaux). ‡ COSHH : Control of Substances Hazardous to Health (Royaume-Uni) (Contrôle des substances dangereuses pour la santé). Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 11: Produits Chimiques

    COSHH : Control of Substances Hazardous to Health (Royaume-Uni) (Contrôle des substances dangereuses pour la santé). Dangers mécaniques Quand l’appareil PyroMark Q24 MDx est en marche, son couvercle doit rester fermé. En cas d’ouverture du couvercle à un moment inopportun, un signal sonore retentit pour avertit du danger.

  • Page 12: Dangers Liés À La Chaleur

    AVERTISSEMENT Pièces mobiles Afin d’éviter le contact avec les pièces en mouvement lorsque l’appareil PyroMark Q24 MDx est en marche, son couvercle doit rester fermé. Ne pas démonter les panneaux du capot. Ils ne renferment aucune pièce réparable par l’utilisateur.

  • Page 13: Consommables

    Informations de sécurité Consommables ATTENTION Consommables incompatibles Ne pas relier ni utiliser de consommables, d’accessoires ni d’équipement externe autres que ceux spécifiés. Symboles sur le PyroMark Q24 MDx et les produits PyroMark Q24 Symbole Emplacement Langue Description Plaque Marquage CE signalétique à...
  • Page 14 Réactifs, Contient des réactifs solutions pour <N> tests. <N> Réactifs, Référence solutions, cartouche, plaque Réactifs, Numéro du matériel solutions, cartouche, plaque Réactifs, Composant solutions, cartouche, plaque Réactifs, Contient solutions, cartouche, plaque Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 15 Cartouche Tenir à l’abri de la lumière et des rayons du soleil. Cartouche Numéro de la méthode Cartouche Paramètres de l’appareil À l’intérieur de Avertissement, se l’appareil reporter au manuel d’utilisation. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 17: Introduction

    Merci d’avoir choisi le PyroMark Q24 MDx. Nous sommes persuadés qu’il fera partie intégrante de votre laboratoire. Avant d’utiliser le PyroMark Q24 MDx, il est impératif de lire attentivement ce manuel et de porter une attention particulière aux informations de sécurité (voir la Section 1).

  • Page 18: Généralités

    QIAGEN. Pour toute question ou en cas de difficultés concernant le PyroMark Q24 MDx ou les produits QIAGEN en général, nous contacter. Les clients de QIAGEN constituent une source d’informations majeure relative aux utilisations avancées ou spécialisées de...

  • Page 19: Utilisation Prévue Du Pyromark Q24 Mdx

    Le PyroMark Q24 MDx est un système de détection de modifications de positions variables spécifiques de la séquence d’ADN pouvant avoir une signification clinique. Le PyroMark Q24 MDx est destiné au diagnostic in vitro en Europe. L’appareil est uniquement compatible avec les kits QIAGEN prévus à...
  • Page 20 Techniciens de Personnel préventive laboratoire ou convenablement formé et équivalents expérimenté, habitué à l’utilisation des ordinateurs et à l’automatisation en général Entretien et Spécialistes de maintenance l’entretien sur site préventive QIAGEN uniquement annuelle Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 21: Description Générale

     MDx) : logiciel uniquement PyroMark Q24 MDx Vacuum Workstation (Poste de  travail sous vide PyroMark Q24 MDx) : poste de travail sous vide uniquement PyroMark Q24 MDx System (Système PyroMark Q24  MDx) : Tous les éléments ci-dessus plus les kits PyroMark Principe du pyroséquençage...
  • Page 22 7. L’apyrase, une enzyme de dégradant les nucléotides, dégrade en continu les nucléotides non intégrés et l’ATP. Une fois la dégradation terminée, un autre nucléotide est ajouté. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 23: Principe Du Pyromark Q24 Mdx

    à partir des pics du pyrogramme. Principe du PyroMark Q24 MDx Le PyroMark Q24 MDx est un séquenceur d’ADN reposant sur la technologie du pyroséquençage. 1. La plaque PyroMark Q24 qui contient les échantillons est placée sur l’unité...
  • Page 24 9. Après un run, les données sont automatiquement enregistrées sur la clé USB. En cas de retrait de la clé USB en cours de run, les données peuvent être récupérées manuellement sur l’appareil. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 25: Appareil Pyromark Q24 Mdx

    Fenêtre de vérification du niveau de réfrigérant Connecteur d’alimentation 24 V de l’appareil Connecteur d’alimentation 12 V du refroidisseur Extérieur de l’appareil PyroMark Q24 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 26: Chambre De Traitement

    Afin d’assurer un mélange rapide des échantillons et des réactifs dans la plaque, l’unité de chauffage à l’intérieur de la chambre de traitement est en constante vibration pendant le run. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 27: Unité De Distribution

    Il convient de préparer les échantillons à analyser sur l’appareil PyroMark Q24 MDx selon les instructions de la Section 5.3, à l’aide du poste de travail sous vide PyroMark Q24 MDx. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 28: Logiciel D'analyse

    Description générale Logiciel d’analyse Le logiciel PyroMark Q24 MDx est fourni avec l’appareil. L’ordinateur qui sert à la configuration des runs et à l’analyse des données doit au minimum satisfaire les spécifications suivantes : Système d’exploitation Microsoft ® 7, version anglaise ...

  • Page 29: Procédures D'installation

    Procédures d’installation Procédures d’installation Livraison et installation du système Le déballage et l’installation du PyroMark Q24 MDx sont assurés par un spécialiste de l’entretien sur site QIAGEN. Pendant l’installation, il convient qu’une personne connaissant l’équipement et l’ordinateur du laboratoire soit présente.

  • Page 30: Alimentation Requise

    équipements de laboratoire sur les mêmes prises. Ne pas poser le PyroMark Q24 MDx sur une surface sujette aux vibrations ni à proximité d’objets vibrants.

  • Page 31: Installation Du Logiciel D'analyse

    Exigences de mise à la masse Par mesure de protection des utilisateurs, l’appareil PyroMark Q24 MDx doit être correctement relié à la terre. Il est muni de 2 cordons d’alimentation CA à 3 conducteurs. Afin de préserver cette protection, ne pas alimenter le PyroMark Q24 MDx à...

  • Page 32: Désinstallation Du Logiciel Pyromark Q24 Mdx

    (www.update.microsoft.com). Un lecteur de document PDF doit être installé sur l’ordinateur pour pouvoir lire les rapports au format PDF créés à l’aide du logiciel PyroMark Q24 MDx. Il est possible de télécharger Adobe Reader à partir du site www.adobe.com. 4.3.2 Désinstallation du logiciel PyroMark Q24 MDx...

  • Page 33: Procédures De Fonctionnement

    Procédures de fonctionnement Cette section décrit le fonctionnement du PyroMark Q24 MDx. Avant d’aller plus loin, il est recommandé de se familiariser avec les caractéristiques de l’appareil PyroMark Q24 MDx en se reportant à la Section 3.4. Administration de l’appareil 5.1.1 Réglage de la date et de l’heure...

  • Page 34: Copie Des Runs Enregistrés Récemment

     et  sous l’écran puis appuyer sur « Select » (Sélectionner). 5. Lorsque l’appareil confirme l’enregistrement du fichier de run sur la clé USB, appuyer sur « Close » (Fermer). 6. Retirer la clé USB. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 35: Copie Des Fichiers Log

    5.1.4 Copie des fichiers log S’il est nécessaire d’envoyer des fichiers Log aux Services techniques de QIAGEN, procéder comme suit pour copier les fichiers : 1. Lorsque l’appareil est au repos, introduire l’une des clés USB fournies dans le port USB à l’avant de l’appareil.

  • Page 36: Mise À Jour Du Logiciel De L'appareil

    « OK ». 5.1.7 Mise à jour du logiciel de l’appareil Si QIAGEN a envoyé une mise à jour du logiciel, procéder comme suit pour l’installer : 1. Enregistrer les fichiers de mise à jour sur l’une des clés USB fournies. Il convient d’enregistrer les fichiers dans un dossier nommé...

  • Page 37: Démarrage Du Logiciel Pyromark Q24 Mdx

    Dans le menu « Start » (Démarrer) de Windows, sélectionner « (All) Programs/PyroMark/PyroMark Q24 » (Tous les programmes/PyroMark/PyroMark Q24). Il est possible d’accéder à tout moment au Guide d’utilisation du logiciel PyroMark Q24 MDx en appuyant sur la touche « F1 » dans le logiciel. 5.2.2 Configuration de l’analyse 1.

  • Page 38: Configuration D'un Run

    (Entrée). 3. Sélectionner « Instrument Method » (Méthode de l’appareil). Voir la Section 5.2.4 pour les instructions détaillées. 4. Ajouter une analyse pour chaque puits utilisé, par exemple par glisser-déplacer d’une analyse du Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 39 (ID de réactif), c’est-à-dire le numéro de lot des réactifs PyroMark Gold Q24, « Plate ID » (ID de plaque), « Barcode » (Code barres) pour la plaque et « Run Note » (Note sur le run) dans le fichier de run. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 40: Informations Supplémentaires

    Pour plus d’informations, voir le Guide d’utilisation du logiciel PyroMark Q24 MDx en appuyant sur la touche « F1 » dans le logiciel. Remarque : Pour réaliser un run inspiré d’un run précédent, cliquer avec le bouton droit de la souris sur le fichier de run traité...
  • Page 41 2. Nommer la nouvelle méthode puis appuyer sur « Enter » (Entrée). 3. Modifier les paramètres de la méthode dans la boîte de dialogue pour qu’ils correspondent à ceux donné sur la page www.qiagen.com/Products/PyroMarkQ24MDx.aspx. 4. Cliquer sur « Save » (Enregistrer). Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 42: Préparation Des Échantillons

    (facultative). Préparation des échantillons Il convient de préparer les échantillons à analyser avec le PyroMark Q24 MDx selon les instructions ci-dessous. L’équipement et les réactifs suivants sont nécessaires à la préparation des échantillons. Il convient que l’ensemble des réactifs et des solutions soient à température ambiante (15 à...

  • Page 43: Équipement Et Réactifs Devant Être Fournis Par L'utilisateur

    Procédures de fonctionnement Équipement et réactifs devant être fournis par l’utilisateur Poste de travail sous vide PyroMark Q24 MDx  Agitateur de plaque pour l’immobilisation sur billes  Unité de chauffage capable d’atteindre une température  de 80 °C. Plaque PyroMark Q24 ...

  • Page 44: Essai De Fonctionnement Du Poste De Travail Sous Vide Pyromark Q24 Mdx

    Les produits de PCR biotinylés sont immobilisés sur des billes de Sepharose recouvertes de streptavidine (Streptavidin Sepharose High Performance, GE Healthcare). 1. Agiter doucement le flacon contenant les billes jusqu’à l’obtention d’une solution homogène. 5-12 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 45 être prélevées immédiatement après l’agitation. Remarque : Pendant l’immobilisation, préparer le poste de travail sous vide pour la préparation des échantillons (Étapes 1 à 8 de la Section 5.3.4). Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-13...

  • Page 46: Séparation Des Brins D'adn Et Libération Des Échantillons Dans La Plaque Pyromark Q24

    Section 5.3.5 en le plaçant (sans plaque) sur l’unité de chauffage à 80 °C. Procédure 1. Vérifier que le poste de travail sous vide PyroMark Q24 MDx a été monté correctement et en toute sécurité. 5-14 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 47 Environ 50 ml d’eau ultrapure (4)  Environ 70 ml d’eau ultrapure (5)  Une suggestion de configuration est illustrée sur l’image suivante. Compléter les compartiments à ces niveaux aussi souvent que nécessaire. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-15...
  • Page 48 Ajouter 25 µl de solution dans chaque puits à utiliser d’une plaque PyroMark Q24. Remarque : Utiliser l’un des porte-plaques PyroMark Q24 fournis comme support lors de la préparation et du déplacement de la plaque. 5-16 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 49 14. Transférer l’outil dans le compartiment contenant la solution de dénaturation. Rincer les sondes à filtre pendant 5 s. 15. Transférer l’outil dans le compartiment contenant le tampon de lavage. Rincer les sondes à filtre pendant 10 s. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-17...
  • Page 50 22. Fermer la commande de vide de l’outil (position Off) et placer l’outil en position Parking (P). 23. Si plusieurs plaques sont préparées en même temps, remplir à nouveau les compartiments (Étape 2) et répéter la procédure à partir de l’Étape 8. 5-18 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 51: Hybridation De L'amorce De Séquençage Sur Les Échantillons

    25. À la fin de la journée de travail, il convient d’éliminer les déchets liquides et toute solution restante et de vérifier l’absence de poussière et de déversement sur le poste de travail sous vide PyroMark Q24 MDx (voir la Section 5.6.2). 5.3.5 Hybridation de l’amorce de séquençage sur les...

  • Page 52: Traitement D'un Run Sur L'appareil Pyromark Q24 Mdx5

    Compartiments de la cartouche PyroMark Q24 vus du dessus Traitement d’un run sur l’appareil PyroMark Q24 MDx Quand l’appareil PyroMark Q24 MDx est en marche, son couvercle doit rester fermé. En cas d’ouverture du couvercle à un moment inopportun, un signal sonore retentit pour avertir du danger.
  • Page 53 AVERTISSEMENT Pièces mobiles Afin d’éviter le contact avec les pièces en mouvement lorsque l’appareil PyroMark Q24 MDx est en marche, son couvercle doit rester fermé. Ne pas démonter les panneaux du capot. Ils ne renferment aucune pièce réparable par l’utilisateur.

  • Page 54: Logiciel De L'appareil

    2. Mettre en marche l’appareil. L’interrupteur d’alimentation est situé à l’arrière de l’appareil (voir l’image à la Section 3.4). 5-22 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 55: Démarrage Du Run

    « Select » (Sélectionner). Pour revenir à l’écran précédent, appuyer sur « Back » (Précédent). 4. Une fois le fichier du run sélectionné, appuyer sur « Select » pour lancer le run. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-23...

  • Page 56: Surveillance Du Run

    Running (Run Les mélanges d’enzymes et de substrats sont en cours) distribués dans tous les puits utilisés. Les nucléotides sont ensuite distribués dans les puits dans l’ordre défini dans le fichier d’analyse. 5-24 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 57: Après Le Run

    5. Fermer la trappe. 6. Ouvrir le châssis porte-plaques et retirer la plaque de l’unité de chauffage. 7. Fermer le châssis porte-plaques et le couvercle de l’appareil. 8. Jeter la plaque. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-25...
  • Page 58 être utilisée pour l’analyse : 1. Éliminer toute solution restante dans la cartouche. 2. Rincer les compartiments de la cartouche 4 fois à l’eau ultrapure. 3. Vaporiser de l’eau ultrapure sur l’extérieur des aiguilles. 5-26 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 59 4. Passer à l’Étape 6. 5b. Si le jet d’eau n’est pas parallèle à l’aiguille, remplir à nouveau le compartiment d’eau et répéter l’Étape 4. Si le jet d’eau n’est toujours pas droit, jeter la cartouche. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-27...

  • Page 60: Analyse Du Run

    Analyse du run Des instructions détaillées d’analyse du run sont fournies dans le Guide d’utilisation du logiciel PyroMark Q24 MDx, accessible en appuyant sur la touche « F1 » dans le logiciel. 1. Transférer le fichier de run traité de la clé USB sur un ordinateur possédant le logiciel PyroMark Q24 MDx.
  • Page 61 Le génotypage des SNP et des « InDels » (insertions/délétions) est accessible dans le menu « Reports » (Rapports) du mode AQ. Remarque : Le déroulement de l’analyse est modifiable dans l’onglet « Analysis Setup » (Configuration de l’analyse). Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-29...

  • Page 62: Affichage Des Résultats D'analyse

    : Affiche l’évaluation de la qualité à la fin de la plage de contrôle qualité (analyses SQA uniquement). 5-30 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 63 La vue d’ensemble de la plaque comporte une barre de méthylation indiquant le niveau de méthylation de chaque site de dinucléotides CpG dans le puits. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-31...

  • Page 64: Rapports D'analyse

    « Reports » (Rapports). Pour plus d’informations sur les rapports, voir la Section « Affichage, impression et enregistrement des rapports d’analyse » dans le Guide d’utilisation du logiciel PyroMark Q24 MDx (accessible en appuyant sur la touche « F1 » dans le logiciel). 5-32...

  • Page 65: Fin De La Tâche Et Arrêt

    2. Lorsque le message « It is now safe to turn off the instrument » (L’appareil peut à présent être mis hors tension en toute sécurité) s’affiche, éteindre l’appareil. L’interrupteur d’alimentation est situé à l’arrière de l’appareil. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-33...

  • Page 66: Vidage Du Flacon À Déchets Et Des Compartiments

    Veiller à respecter les réglementations nationales, régionales et locales relatives à l’élimination des déchets de laboratoire en vigueur. L’élément suivant est nécessaire : Eau ultrapure (Milli-Q 18,2 MΩ x cm ou équivalent)  5-34 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 67: Vérification De L'appareil

    Appuyer sur l’interrupteur de lumière à l’arrière de l’instrument (voir l’image ci-dessous) et vérifier que le niveau de réfrigérant est visible. Si ce n’est pas le cas, contacter les Services techniques de QIAGEN. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 5-35...

  • Page 68: Sauvegarde Des Fichiers Pyromark Q24

    Procédures de fonctionnement Interrupteur de lumière Sauvegarde des fichiers PyroMark Q24 Les données générées par le logiciel PyroMark Q24 MDx sont enregistrées sur l’ordinateur sous forme de fichiers ayant les suffixes suivants : *.pyrorun (fichiers de run)  *.pyrosetup (fichiers d’analyse) ...

  • Page 69: Maintenance

    Nettoyage de l’appareil  Le suivi de ces procédures permet de garder l’appareil PyroMark Q24 MDx exempt de poussière et de déversement de liquides. Avant d’entreprendre la maintenance, il est recommandé de se familiariser avec les informations de sécurité en se reportant à...

  • Page 70: Maintenance De L'appareil Pyromark Q24 Mdx

    Maintenance Réaliser la validation conformément au manuel fourni avec le produit. Pour commander ce kit, contacter QIAGEN. Maintenance de l’appareil PyroMark Q24 6.2.1 Nettoyage de l’appareil En cas de contamination de l’appareil par de la poussière ou en cas de déversement de liquide, le nettoyer conformément aux instructions ci-dessous.

  • Page 71: Nettoyage De L'unité De Chauffage Et Des Guides De Lumière

    éteindre l’appareil. L’interrupteur d’alimentation est situé à l’arrière de l’appareil. 3. Débrancher l’appareil du secteur. Il y a deux fiches d’alimentation secteur. 4. Ouvrir le couvercle de l’appareil. 5. Ouvrir le châssis porte-plaques. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 72 Maintenance des guides de lumière Nettoyer l’espace entre l’unité de chauffage et les guides de lumière à l’intérieur de l’appareil à l’aide de tissus non pelucheux. Ne pas utiliser de mouchoirs en papier. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 73: Maintenance Du Poste De Travail Sous Vide Pyromark Q24

    S’il est nécessaire de nettoyer le poste de travail sous vide en raison de la présence de poussière ou d’un déversement de liquides, suivre les instructions ci-dessous. Les éléments suivants sont nécessaires : Gants non-poudrés  Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 74: Test Et Remplacement Des Sondes À Filtre

    Les éléments suivants sont nécessaires : Gants sans poudre  Clé Allen de 2 mm (fournie)  Eau ultrapure (Milli-Q 18,2 MΩ x cm ou équivalent)  Sondes à filtre neuves (QIAGEN)  Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 75: Remplacement Du Joint En Caoutchouc

    Le joint en caoutchouc doit être remplacé.  Les éléments suivants sont nécessaires au remplacement du joint : Gants sans poudre  Clé Allen de 2 mm (fournie)  Joint en caoutchouc neuf (QIAGEN)  Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 76: Remplacement Du Tube

    Remplacer le tube s’il est cassé ou déformé. Veiller à respecter les réglementations nationales, régionales et locales relatives à l’élimination des déchets de laboratoire en vigueur. Les éléments suivants sont nécessaires : Tube neuf (QIAGEN)  Bécher  Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 77: Remplacement Du Filtre À Déchets

    1. Veiller à ce que l’outil de préparation sous vide ne soit pas sous vide, c’est-à-dire que la commande de vide soit fermée (position « Off ») et que la pompe à vide soit arrêtée. 2. Débrancher la pompe à vide du secteur. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 78 5. Insérer le tube dans les raccords du filtre neuf. 6. Si nécessaire, vider le flacon à déchets. Remarque : Il est possible d’enlever le bouchon sans débrancher le tube. 7. Rebrancher la pompe à vide sur le secteur. 6-10 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 79: Résolution Des Problèmes

    Résolution des problèmes Résolution des problèmes S’il est nécessaire de contacter les Services techniques de QIAGEN à propos d’une erreur, noter les étapes induisant l’erreur et toute information fournie dans les boîtes de dialogue. Ces informations sont utiles au spécialiste de l’entretien sur site QIAGEN pour l’aider à...

  • Page 80: Erreurs Relatives À L'analyse

    Services techniques de QIAGEN. S’il est demandé d’envoyer le fichier des données ambiantes : Sélectionner « Export Environment Data » (Exporter ...
  • Page 81 Veiller à respecter les réglementations réactifs bouchée ou nationales, régionales et locales relatives à endommagée l’élimination des déchets de laboratoire en (signal de vigueur. préséquençage manquant ou pics manquants sur le pyrogramme) Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 82 (apparition de la lumière émise par un puits dans le puits adjacent) o) Erreur de Remplacer la cartouche de réactifs. Si le problème distribution persiste, contacter les Services techniques de QIAGEN. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 83: Erreurs Relatives Au Logiciel D'analyse

    Veiller à prévoir une distribution supplémentaire après la distribution des homopolymères. Erreurs relatives au logiciel d’analyse Pour les erreurs de logiciel, consulter la section Résolution des problèmes dans le Guide d’utilisation du logiciel PyroMark Q24 MDx. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 84: Erreurs Relatives À L'appareil

    Vérifier le niveau de réfrigérant.  c) “Run name” is Vérifier que le fichier de run existe dans le logiciel invalid (Valeur du PyroMark Q24 MDx. champ « Run name » (nom du run) invalide) Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 85 Absence de contact La clé USB est endommagée ou incompatible avec la clé USB avec le système. Il est recommandé d’utiliser uniquement les clés USB fournies par QIAGEN. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 86: Erreurs Relatives Au Poste De Travail Sous Vide

    Si plus d’1 min s’est écoulée depuis l’agitation de blancs (billes de la plaque (ou des barrettes de tubes), répéter Sepharose) dans la l’agitation pendant 1 min avant de capturer les plaque billes. d’immobilisation Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 87: Vérification De La Bonne Installation Et Du Bon Fonctionnement

    Pour connaître le mode d’emploi du kit PyroMark Control Oligo, consulter le Manuel du kit PyroMark Q24 Validation Oligo fourni avec le produit. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 88 Résolution des problèmes Page laissée volontairement vierge 7-10 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 89: Glossaire

    Décalage négatif : Faible proportion de séquences de la matrice qui n’ont pas intégrer un nucléotide et se trouvent après les autres séquences de la matrice. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 90 Y = Pyrimidine (C ou T) V = A, C, ou G (pas T) M = C ou A N = base quelconque (A, C, G ou T) K = T ou G Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 91 Paramètre de la méthode d’analyse SQA. Polymorphisme Variations génétiques regroupant tous les types de variations de la séquence d’ADN observés au sein d’une population. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 92 1 % de la population sont appelées SNP. Position variable Région de la séquence dont une ou plusieurs bases varient. Dans le logiciel PyroMark Q24 MDx, les positions variables sont mises en évidence par une couleur de fond bleu-gris dans l’histogramme et le pyrogramme.
  • Page 93 T seulement et non pas de C à ces emplacements des matrices. Dans le cas des analyses inverses, toutes les matrices doivent présenter des A à ces positions, pas de G. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 94 Glossaire Page laissée volontairement vierge Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 95: Données Techniques

    Glossaire Annexe A Données techniques QIAGEN se réserve le droit de modifier des spécifications à tout moment. Conditions ambiantes Conditions de fonctionnement : Appareil PyroMark Q24 MDx Alimentation 100 à 240 V AC, 50 à 60 Hz Consommation 160 VA maximum...

  • Page 96: Conditions De Transport

    Jusqu’à 24 échantillons par run Résistance aux pH 4 à pH 9, détergents courants, hydroxyde de sodium produits 0,5 M, éthanol à 70 % chimiques Conditions de fonctionnement : Poste de travail sous vide PyroMark Q24 MDx Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 97 Conditions de transport Température de –25 à 60 ºC l’air Humidité relative 75 % max. (sans condensation) Conditions de stockage Température de 10 à 40 °C l’air Humidité 75 % max. (sans condensation) relative Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 98 1 Go Espace libre sur le 100 Mo disque dur Carte vidéo Compatible avec la résolution du moniteur Moniteur 1280 x 1024 pixels Dispositif de Souris ou équivalent pointage Interfaces Port USB et CD-ROM Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 99: Déchets D'équipements Électriques Et Électroniques (Deee)

    Dans l’Union européenne, conformément aux exigences de recyclage spécifiques des DEEE, et lorsqu’un produit de remplacement est fourni par QIAGEN, un service de recyclage gratuit des équipements électroniques portant la mention DEEE en Europe est proposé.

  • Page 100: Déclaration Fcc A

    Si cet équipement génère des interférences nuisibles à la réception radio et télévisée, se manifestant lors de la mise en marche et de l’arrêt de l’équipement, il est Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 101 équipement ou suite à la substitution ou à la fixation des câbles de connexion et de l’équipement par d’autres moyens que ceux spécifiés par QIAGEN GmbH, Allemagne. Il sera de la responsabilité de l’utilisateur de corriger les interférences provoquées par de telles modifications, substitutions ou fixations non autorisées.

  • Page 102: Déclaration De Conformité Ce A

    Déclaration de conformité CE Nom et adresse de la fabricant légal QIAGEN GmbH QIAGEN Strasse 1 40724 Hilden Allemagne Une déclaration de conformité à jour peut être demandée aux Services techniques de QIAGEN. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 103: Conception Et Validation De L'analyse

    à un indice de qualité qui repose sur plusieurs paramètres spécifiques à l’analyse par pyroséquençage. Veiller à utiliser le type d’analyse adapté dans ADSW. Il est recommandé d’utiliser les tests QIAGEN de diagnostic in vitro pour pyroséquençage qui contiennent toutes les amorces optimisées nécessaires.

  • Page 104: Configuration De La Pcr

    InDels, il est fortement recommandé que l’amorce de séquençage se trouve quelques paires de bases avant la position variable. Il est recommandé d’utiliser les tests QIAGEN de diagnostic in vitro pour pyroséquençage qui contiennent toutes les amorces optimisées nécessaires. Configuration de la PCR Les mélanges réactionnels de PCR de 25 µl sont préparés à...

  • Page 105: Matrice De Démarrage

    éthanol, EDTA et autres solvants chimiques que les procédés catalysés par une enzyme en une seule étape. QIAGEN propose une gamme complète de kits de préparation des acides nucléiques pour garantir l’obtention de matrices de PCR de la plus haute qualité.

  • Page 106: Optimisation De La Pcr

    PCR Handbook (Manuel du kit PyroMark PCR). Amplification égale des deux allèles lors des analyses AQ et CpG La fiabilité des résultats d’analyse quantitative dépend de l’égale amplification des deux allèles et ce critère doit être soigneusement vérifié. 8-12 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 107: Analyse Par Pyroséquençage

    ADN entièrement méthylés et non méthylés traités par le bisulfite sous forme de solutions prêtes à l’emploi. L’analyse de régression de la fréquence d’un allèle mesurée par le séquenceur PyroMark Q24 MDx en fonction de l’allèle entré (attendu) doit donner une valeur de R > 0,9.
  • Page 108 être totalement transformées en thymine par le bisulfite et peuvent donc servir de témoins de réaction. Lors de la création d’une analyse CpG dans le logiciel PyroMark Q24 MDx, l’application indique les distributions pouvant servir de 8-14 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 109 Dans le cas contraire, l’analyse peut donner lieu à des séquences mixtes impossibles à analyser. Être attentif aux astuces et avertissements indiqués par l’icône rouge . Lorsque cette icône apparaît, procéder aux modifications adaptées. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 110 Lors du test d’une nouvelle analyse, utiliser un échantillon d’ADN de référence et des paramètres du logiciel PyroMark Q24 MDx adaptés. Les interactions entre les amorces ou les boucles formées sur l’ADN monobrin peuvent servir de sites d’amorce pour l’incorporation des bases par l’ADN polymérase.

  • Page 111: Résultats D'analyse

    Les résultats des analyses SQA reposent sur l’aspect des pics du pyrogramme en rapport avec le niveau des pics estimé par le logiciel. L’inclusion de bases connues dans les analyses SQA peut améliorer l’estimation du niveau des pics. Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 112 Annexe B Page laissée volontairement vierge 8-18 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...

  • Page 113: Clause De Responsabilité

    Annexe C Annexe C Clause de responsabilité QIAGEN sera dégagé de toute obligation au titre de sa garantie au cas où des réparations ou des modifications seraient effectuées par d’autres personnes que son propre personnel, à l’exception de cas où la société a donné son accord écrit pour effectuer de telles réparations ou...
  • Page 114 Annexe C Page laissée volontairement vierge Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 115 évaluations de la qualité 5-30 cartouche de réactifs 5-26 niveaux de méthylation 5-31 poste de travail sous vide 6-5 unité de chauffage et guides de lumière 6-3 Données techniques A-1 PCR B-1 configuration B-2 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016 Index-...
  • Page 116 à filtre 6-6 tube 9 Résolution des problèmes 7-1 Ventilation 1-6, 4-2 abandon 5-25 Vérification de la bonne installation et analyse 5-28 du bon fonctionnement 7-9 fin de la tâche et arrêt 5-33 Index-2 Manuel d’utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016...
  • Page 118 Australia techservice-au@qiagen.com  Austria techservice-at@qiagen.com  Belgium techservice-bnl@qiagen.com  Brazil suportetecnico.brasil@qiagen.com  Canada techservice-ca@qiagen.com  China techservice-cn@qiagen.com  Denmark techservice-nordic@qiagen.com  Finland techservice-nordic@qiagen.com  France techservice-fr@qiagen.com  Germany techservice-de@qiagen.com  Hong Kong techservice-hk@qiagen.com  India techservice-india@qiagen.com  Ireland techservice-uk@qiagen.com ...

Table des Matières