Table des Matières
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Annexe B
Configuration de l'analyse
Analyses AQ et CpG
Lors de la création d'une analyse de type AQ ou CpG, il
convient que la séquence à analyser contienne un nombre
suffisant de bases pour générer au moins 5 pics de référence
non variables. Dans le cas d'InDels, il convient d'inclure un
nombre inférieur de pics de référence avant la position
variable.
Si l'amorce de séquençage est placée à côté de la position à
analyser, inclure une partie de la séquence suivant la
position variable dans la zone de texte « Sequence To
Analyze » (Séquence à analyser). Veiller à ce que la dernière
base de la zone de texte ne fasse pas partie de la position
variable.
Des distributions à blanc sont automatiquement générées
par le logiciel et servent au contrôle qualité de l'analyse. Ne
jamais exclure les distributions à blanc car elles constituent
un excellent indicateur de l'incorporation de nucléotides non
spécifiques. Lors de la définition manuelle de l'ordre de
distribution, prévoir un nombre adéquat de distributions à
blanc. Si possible, commencer la distribution par une
distribution à blanc et prévoir le même nombre de
distributions à blanc que de positions variables.
Être attentif aux astuces et avertissements indiqués par
l'icône rouge
modifications adaptées.
Témoins de traitement au bisulfite dans les analyses
CpG
Lors de la création d'une analyse CpG, il est recommandé
d'ajouter des témoins du traitement par le bisulfite. Les
cytosines qui ne sont pas suivies d'une guanine, indiquées
par des T oranges dans le logiciel PyroMark ADSW, doivent
être totalement transformées en thymine par le bisulfite et
peuvent donc servir de témoins de réaction. Lors de la
création d'une analyse CpG dans le logiciel PyroMark Q24
MDx, l'application indique les distributions pouvant servir de
8-14
. Lorsque cette icône apparaît, procéder aux
Manuel d'utilisation du PyroMark Q24 MDx 01/2016
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