GE ÄKTA oligopilot plus Mode D'emploi page 187

Cet intermédiaire réagit facilement avec n'importe quel donneur d'électrons : dans les
conditions de synthèse, le seul donneur disponible est le groupe 5'-hydroxyle sur l'oligo-
nucléotide croissant. En quelques minutes, l'efficacité de la réaction de couplage est ty-
piquement ≥ 99 % pour l'ADN et ≥ 98,5 % pour l'ARN.
En maintenant des conditions strictement anhydres et en utilisant un réactif de qualité,
les besoins en quantité d'amidites excessive n'est plus nécessaire. La synthèse effectuée
sur le système ÄKTA oligopilot plus obtient généralement une efficacité de couplage
supérieure à 98,5 % pour l'ADN avec un excès molaire d'amidite de 1,5, sous réserve
que les réactifs soient de qualité supérieure et que les solvants soient complètement
anhydres. De loin, la cause d'échec de la synthèse d'oligonucléotides la plus fréquente
est l'utilisation de réactifs de mauvaise qualité ou mal formulés.
Oxydation
Avant l'oxydation, le support est lavé à l'acétonitrile pour éliminer l'activateur et l'amidite
qui n'a pas réagi.
Le groupe phosphite est oxydé en un phosphate plus stable à l'aide de 0,05 M de solution
d'iode dans de la pyridine/l'eau dans des proportions de 9:1 (voir l'illustration suivante).
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C Chimie de la synthèse d'oligonucléotides
C.5 Le cycle de synthèse
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