GE ÄKTA oligopilot plus Mode D'emploi page 186

C Chimie de la synthèse d'oligonucléotides
C.5 Le cycle de synthèse
Stade
Oxyda-
tion
Capping
Détritylation
Avant détritylation, le support est lavé avec de l'acétonitrile pour éliminer les réactifs de
l'étape précédente. Après détritylation, le support est lavé de nouveau avec de l'acétoni-
trile.
La détritylation s'effectue à l'aide d'acide dichloroacétique (DCA) à 3 % dans du toluène.
En fonction de l'échelle, un traitement de 2 à 5 minutes suffit pour provoquer cette réac-
tion – bien que la quantité de réactif de détritylation utilisée a plus d'importance que le
temps de traitement.
Quand le groupe DMTr est libéré, il est surveillé sous lumière UV afin de mesurer l'effica-
cité du couplage. Le montant de DMTr libéré est directement corrélé avec la quantité
d'oligonucléotides de longueur complète sur le support solide (c.-à-d. la quantité du
dernier nucléotide ajouté).
Remarque :
Couplage
Le couplage a lieu lorsqu'un mélange d'amidite et d'activateur dans l'acétonitrile sec
traverse le support solide. L'activateur utilisé est un amidite activé, appelé « dérivé de
tétrazolide ».
L'amidite est converti par réaction avec l'activateur en un dérivé de tétrazolide contenant
un groupe phosphite hautement réactif, comme illustré dans l'image ci-dessous.
186
Description
Le triester de phosphite est oxydé à un phosphotriester à l'aide d'iode/eau
dans de la pyridine.
Remarque :
Si des liaisons phosphorothioate sont souhaitées à ce stade, utiliser un réactif
de thiolation au lieu d'iode/eau comme réactif oxydant.
Les groupes 5'-hydroxyle sans réaction sont convertis en acyles qui prévien-
nent la formation de produits oligonucléotidiques hétérogènes.
Un traitement acide sévère peut conduire à une dépurination d'adénosine
avec une rupture de la chaîne d'oligonucléotides résultant de la dépro-
tection du produit final. Étant donné que la rupture ne survient qu'une
fois la synthèse terminée, elle n'est pas détectée lors du suivi du DMTr.
Il convient de choisir les conditions de détritylation qui minimisent la
dépurination des A-amidites standard.
ÄKTA oligopilot plus Mode d'emploi 28959748 AE