illumina iSeq 100 Manuel Système page 55

Guide du système de séquençage iSeq 100
Figure 10 Visualisation de l'intensité des amplifiats
Tableau 3 Définition des bases dans le séquençage à un seul marqueur
Marqueur à la
Base
première image
T Oui
A Oui
C Non
G Non
Amplifiats passant le filtre
Au cours de l'analyse, RTA2 filtre les données brutes pour supprimer les lectures non conformes au seuil de
qualité des données. Les amplifiats qui se chevauchent et ceux de mauvaise qualité sont supprimés.
Dans le cas d'un séquençage à un marqueur, le logiciel RTA2 utilise un système basé sur une population
pour déterminer la pureté (mesure de la pureté de l'intensité) d'une définition des bases. Les amplifiats
franchissent le filtre (PF) lorsqu'une définition des bases ou moins, au cours des 25 premiers cycles, a une
pureté inférieure à un seuil déterminé.
L'alignement PhiX est réalisé au cycle 26 dans un sous-ensemble de plaques pour les amplifiats ayant passé
le filtre. Les amplifiats qui ne passent pas le filtre ne servent pas à la définition des bases et ne sont pas
alignés.
Lectures d'index
Le processus de définition des bases qui a lieu pendant les lectures d'index diffère de celui qui a lieu pendant
les lectures de séquençage. Les deux premiers cycles d'une lecture d'index ne peuvent pas débuter avec
deux bases G, car les intensités ne seront pas générées. Pour assurer la performance du démultiplexage,
une intensité doit être présente dans l'un des deux premiers cycles.
Document nº 1000000036024 v05 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser à des fins de diagnostic.
Marqueur à la
Conclusion de la comparaison des images
deuxième image
Oui Les amplifiats montrant une intensité dans les deux images
sont des bases T.
Non Les amplifiats montrant une intensité dans la première image
seulement sont des bases A.
Oui Les amplifiats montrant une intensité dans la deuxième image
seulement sont des bases C.
Non Les amplifiats ne montrant une intensité dans aucune des
images sont des bases G.
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