Table des Matières
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Guide du système de séquençage iSeq 100
Type de fichier
Description, emplacement et nom des fichiers
Fichier
Le fichier d'emplacement des amplifiats (s.locs) contient les coordonnées X et Y de chaque
d'emplacement des
amplifiat sur la Flow Cell.
Data\Intensities
amplifiats
s.locs
Fichiers de filtrage
Les fichiers de filtrage précisent si les amplifiats ont franchi le filtre. Un fichier de filtrage est
généré pour chaque plaque. Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur
25 cycles de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L001
s_[ligne].filter
Fichiers InterOp
Indicateurs en temps réel de la qualité de l'analyse, mis à jour tout au long de l'analyse. Ces
fichiers binaires regroupent les mesures relatives aux plaques et aux cycles ainsi que les
mesures réalisées lors des lectures. Ils sont nécessaires pour afficher les mesures dans le
visualiseur d'analyse de séquençage.
Dossier
Fichier de
Il indique les paramètres de l'analyse. Il est créé au début de l'analyse et combine les valeurs
configuration RTA
du fichier de configuration d'entrée et les valeurs définies par RTA2.
[Dossier racine], RTAConfiguration.xml
Fichier de
Il indique le nom de l'analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, le fait que la lecture est
renseignements sur
une lecture d'index ou non et le nombre de témoins et de plaques. Le fichier est créé au
l'analyse*
début de l'analyse.
[Dossier racine], RunInfo.xml
Fichiers des
Images miniatures des plaques de Flow Cell.
Images\L001\C[X.1] : les fichiers sont stockés dans un seul dossier pour chaque ligne et un
miniatures
sous-dossier pour chaque cycle.
s_[ligne]_[plaque].jpg : l'image miniature comprend le numéro de la plaque.
* Créé par le logiciel de commande. RTA2 crée tous les autres fichiers indiqués dans le tableau.
Local Run Manager et BaseSpace Sequence Hub convertissent automatiquement les fichiers de définition
des bases en fichiers FASTQ. Lorsque le séquençage est effectué en mode manuel, utilisez la version la plus
récente du logiciel de conversion bcl2fastq2 pour convertir en fichiers FASTQ. Téléchargez le logiciel sur les
pages d'assistance du logiciel de conversion bcl2fastq
Nom et emplacement du dossier de sortie
Pour chaque analyse, le logiciel de commande génère automatiquement un dossier de sortie et un dossier
d'analyse. Accédez aux données de l'analyse à partir du dossier de sortie, ce dernier étant une copie du
dossier de l'analyse. Le dossier de l'analyse est destiné à une utilisation par le système.
L'emplacement du dossier de sortie est défini par l'utilisateur, mais se retrouve par défaut sur le lecteur D:\.
Le logiciel de commande nomme le dossier de sortie dans le format suivant.
Format
<AAAAMMJJ>_<Identifiant de l'instrument_<Numéro de
l'analyse>_<Numéro de la Flow Cell>
La numérotation de l'analyse augmente de un chaque fois qu'une analyse est effectuée. L'instrument et la
Flow Cell sont identifiés par des numéros de série.
Document nº 1000000036024 v05 FRA
Destiné à la recherche uniquement. Ne pas utiliser à des fins de diagnostic.
InterOp
du site Web d'Illumina.
Exemple
20180331_FFSP247_4_BNS417-05-25-12
44
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