Hitachi 3100 ABI PRISM Guide De Démarrage Rapide
  1. Manuels
  2. Marques
  3. Hitachi Manuels
  4. Équipement médical
  5. 3100 ABI PRISM
  6. Guide de démarrage rapide
Hitachi 3100 ABI PRISM Guide De Démarrage Rapide

Hitachi 3100 ABI PRISM Guide De Démarrage Rapide

Masquer les pouces
Table des Matières

Publicité

Liens rapides

Télécharger ce manuel
Analyseur génétique
3100 ABI P
®
RISM
Guide de démarrage rapide pour l'analyse de
fragment

Publicité

Table des Matières
loading

Sommaire des Matières pour Hitachi 3100 ABI PRISM

  • Page 1 Analyseur génétique 3100 ABI P ® RISM Guide de démarrage rapide pour l’analyse de fragment...
  • Page 2 3100 GENETIC ANALYZER USER’S MANUAL. RISM The ABI P ® 3100 Genetic Analyzer includes patented technology licensed from Hitachi, Ltd. as part of a strategic partnership between Applied RISM Biosystems and Hitachi, Ltd., as well as patented technology of Applied Biosystems. ABI P...

  • Page 3: Table Des Matières

    Sommaire 1 Introduction Présentation ..............1-1 A propos de ce manuel .
  • Page 4 5 Entretien de l’instrument Présentation ..............5-1 Listes des travaux de maintenance .

  • Page 5: Introduction

    Introduction Présentation Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes : Section Voir page A propos de ce manuel Pour plus d’informations Support technique Sécurité Introduction 1-1...

  • Page 6: A Propos De Ce Manuel

    A propos de ce manuel Objet Le but de ce manuel est de fournir des instructions élémentaires pour permettre : d’effectuer une analyse de fragment d’analyser les résultats de calibrer et d’effectuer la maintenance périodique de l’Analyseur génétique 3100 ABI P ®...

  • Page 7: Support Technique

    Support technique Comment contacter Le support technique Applied Biosystems peut être consulté par téléphone ou télécopie, par courrier électronique ou sur l’Internet. Nos clients peuvent commander le support technique des documents utilisateur, des fiches signalétiques, des certificats d’analyse Applied Biosystems et d’autres documents apparentés 24 heures sur 24. Les utilisateurs peuvent en outre télécharger des documents en format PDF à...
  • Page 8 Produit ou Par téléphone Par télécopie Type de produit Composer... Composer... Séquençage d’ADN fluorescent 1-650-638-5981 1-800-831-6844 et appuyer sur Analyse de fragments fluorescents 1-650-638-5981 1-800-831-6844 (Incluant les applications de GeneScan ® et appuyer sur Cyclages thermiques intégrés (Instru- 1-800-831-6844 1-650-638-5981 ments ABI P ®...
  • Page 9 En dehors de l’Amérique du Nord Par téléphone Par télécopie Région Composer... Composer... Afrique et Moyen-Orient Afrique (anglophone) et Asie occidentale 27 11 478 0411 27 11 478 0349 (Fairlands, Afrique du Sud) Afrique du Sud (Johannesburg) 27 11 478 0411 27 11 478 0349 Moyen-Orient et Afrique du Nord 39 (0)39 8389 481...

  • Page 10: Obtenir Des Documents Sur Demande

    Nous encourageons vivement nos clients à visiter notre site Web pour consulter le Accéder au support forum aux questions et en savoir plus sur nos produits. Les utilisateurs peuvent technique sur également commander nos documents techniques ou un index des documents l’Internet disponibles afin de les recevoir par télécopie ou par courrier électronique depuis notre site.
  • Page 11 Pour commander les documents... Procédure... sur l’Internet pour a. Accéder au site Web du support technique Applied Biosystems à une réponse http://www.appliedbiosystems.com/techsupp télécopiée ou par b. Sous (Bibliothèques de ressources), cliquer sur Resource Libraries courrier le type de document voulu. électronique c.

  • Page 12: Sécurité

    Sécurité Mises en garde à Cinq types de mise en garde apparaissent dans la documentation destinée aux utilisateurs des instruments Applied Biosystems. Chaque mot implique un degré de l'attention des mise en garde ou l'une des actions décrites ci-dessous. utilisateurs Remarque Signale des informations utiles.
  • Page 13 Une fois le récipient à déchets vidé, il doit être refermé hermétiquement avec le couvercle fourni. Eliminer le contenu du bac ou de la bouteille du récipient à déchets conformément aux bonnes pratiques du laboratoire et aux réglementations de la santé et de l'environnement locales et nationales en vigueur.

  • Page 14: Etiquettes De Sécurité De L'instrument

    Pour commander des fiches signalétiques... Procédure... par service téléphonique Voir la section « Pour obtenir des documents sur demande » automatisé sous la section « Support technique ». par téléphone aux Composer le puis le 1-800-327-3002, Etats-Unis par téléphone du Pour passer des Composer le 1-800-668-6913 Canada...
  • Page 15 S’assurer que toutes les personnes impliquées dans le fonctionnement de Avant d’utiliser l’instrument ont : l’instrument reçu une formation sur les pratiques de sécurité générales en laboratoire reçu une formation sur les pratiques de sécurité spécifiques à l’instrument lu et compris toutes les fiches signalétiques apparentées ATTENTION Cet instrument ne doit pas être utilisé...
  • Page 16 – positionnant l’écran à une distance tenant compte des variables de l’utilisateur telles que l’hypermétropie, la myopie, l’astigmatisme et les effets des lentilles correctives. Utiliser quelques directives utiles en estimant la distance séparant l’utilisateur de l’écran : – La distance entre les yeux et l’écran d’affichage doit correspondre approximativement à...

  • Page 17: Exécution D'une Analyse De Fragment

    Exécution d’une analyse de fragment Présentation Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes : Section Voir page Avant de commencer Préparation de l’échantillon Démarrage du logiciel 3100 Data Collection Réglage des préférences sur le logiciel Utilisation des ensembles plaques Vérification et remplissage des liquides 2-10 Positionnement de la plaque sur le passeur d'échantillons...

  • Page 18: Avant De Commencer

    Avant de commencer Hypothèses de Les procédures décrites dans ce chapitre tiennent compte des hypothèses suivantes : départ L’ordinateur et l’instrument ont été correctement configurés. L’instrument a été étalonné : les calibrations spatiales et spectrales ont été effectuées avec succès. Consulter le chapitre 4 de ce guide s’il y a lieu. L’espace est suffisant sur le disque dur de l’ordinateur pour stocker les données qui seront générées.

  • Page 19: Préparation De L'échantillon

    Préparation de l’échantillon ® Jeu de fluorophores Le logiciel de collecte des données ABI P 3100 Data Collection version 1.0.1 RISM prend en charge le jeu de fluorophores DS-30 et les kits “linkage mapping set” ® ABI P LD20, MD10 et HD5. RISM Les fluorophores du jeu DS-30 sont 6-FAM (bleu), HEX (vert), NED (jaune) et ROX (rouge).

  • Page 20: Dénaturation Des Pour Dénaturer Les Échantillons : Échantillons Etape Action

    Dénaturation des Pour dénaturer les échantillons : échantillons Etape Action Chauffer les échantillons à 95 °C pendant 3 à 5 mn. Plusieurs possibilités sont acceptables pour recouvrir les échantillons pendant la dénaturation : Pellicules adhésives transparentes MicroAmp ® (Réf. nº 4306311) Capuchons MicroAmp ®...
  • Page 21 Démarrage du Pour démarrer le logiciel de collecte des données : logiciel de collecte Etape Action des données A partir du menu , pointer vers , et sélectionner Démarrer Applied Biosystems 3100 Data Collection Remarque Pour créer un raccourci : (a) Naviguer jusqu’au fichier 3100Collection.bat dans le répertoire suivant : D:\AppliedBio\3100\Bin.

  • Page 22: Réglage Des Préférences Sur Le Logiciel

    Réglage des préférences sur le logiciel Introduction Le préférences du logiciel de collecte des données sont réglées pendant l’installation de l’instrument, mais elles peuvent être modifiées et visualisées dans la boîte de dialogue Setting Preferences (Réglage des préférences). Boîte de dialogue Pour visualiser la boîte de dialogue Setting Preferences : de réglage des Etape...
  • Page 23 Page d’analyse des données Préférence Description AutoAnalysis On Sélectionner cette case pour analyser automatiquement les échantillons par le logiciel d’analyse après leur collecte. Remarque La sélection de cette option n’interdit pas de réanalyser les données de l’échantillon. BioLIMS Utiliser ces paramètres pour extraire les données vers une base de données BioLIMS plutôt que vers des fichiers échantillon.

  • Page 24: Utilisation Des Ensembles Plaques

    Utilisation des ensembles plaques Composants des Les composants sont assemblés de la façon suivante : ensembles de plaques Clip de maintien de la plaque Tapis de bouchons à septum Plaque d’échantillons Socle de plaque Préparation d’un Pour préparer un ensemble plaque : ensemble plaque Etape Action...
  • Page 25 Pour préparer un ensemble plaque : (suite) Etape Action Vérifier que les trous du clip de maintien et du tapis de bouchons à septum sont alignés. IMPORTANT Les pointes des barrettes risquent d’être endommagées si le clip de maintien et les trous du tapis de bouchons ne sont pas correctement alignés. Les trous du clip de maintien doivent s’aligner avec le tapis de bouchons à...

  • Page 26: Vérification Et Remplissage Des Liquides

    Vérification et remplissage des liquides Ajout ou Déterminer si le polymère doit être ajouté ou changé sur l’instrument avant de procéder à la préparation de l’instrument. changement de polymère Si le polymère sur l’instrument... Procédure... a moins d’une semaine, et Vérifier l’absence de bulles d’air, et procéder à...
  • Page 27 Préparation d’un Pour préparer 30 ml de tampon 1X : tampon pour une Etape Action seule analyse Ajouter 3,0 ml de tampon 10X dans une éprouvette graduée. Ajouter de l’eau désionisée pour amener le volume total à 30 ml. Bien mélanger. Remplissage des Pour remplir les réservoirs d’eau et de tampon cathodique : réservoirs d’eau et...
  • Page 28 Pour remplir les réservoirs d’eau et de tampon cathodique : (suite) Etape Action Placer les réservoirs en position sur le passeur d’échantillon comme indiqué ci-dessous. Réservoir d’eau Réservoir d’eau (rincer) (déchet) Réservoir cathodique Réservoir d’eau (tampon 1X) Changer le tampon anodique : Remplissage du réservoir de tampon Avant chaque série, ou au moins toutes les 24 heures.

  • Page 29: Positionnement De La Plaque Sur Le Passeur D'échantillons

    Positionnement de la plaque sur le passeur d'échantillons Positionnement de la Pour positionner la plaque sur le passeur d’échantillons : plaque sur le passeur Etape Action d'échantillons Placer l’ensemble plaque sur le passeur d’échantillons comme cela est indiqué ci-dessous. Remarque Il n’y a qu’une orientation pour la plaque : le côté encoché du socle doit être vers le fond du passeur.

  • Page 30: Création D'un Enregistrement De Plaque

    Création d’un enregistrement de plaque A propos des Les enregistrements de plaque mémorisent dans les tableaux de base de données de l’instrument des informations sur les plaques et sur les échantillons qu’elles enregistrements contiennent. de plaque Remarque Les enregistrements de plaque sont similaires aux feuilles d’échantillonnage ou aux listes d’injections utilisées avec d’autres instruments ABI P RISM Observer les deux procédures suivantes pour créer un enregistrement de plaque à...

  • Page 31: Saisie Des Informations Sur L'échantillon

    Pour saisir les informations des enregistrements de plaque : (suite) Etape Action Dans cette boîte de dialogue, l’opérateur peut : nommer la plaque. désigner l’application. sélectionner le type de plaque. saisir des commentaires (facultatif). IMPORTANT Pour désigner la plaque, l’opérateur peut utiliser des lettres, des chiffres et seulement les caractères de ponctuation suivants : -_(){}#.+.
  • Page 32 Pour saisir les informations sur l’échantillon et sauvegarder l’enregistrement de plaque : (suite) Etape Action Facultatif Pour chaque échantillon, saisir des remarques (Infos couleur) et Color Info Color (Remarques sur la couleur). Comment Entrer un projet BioLIMS. IMPORTANT Un projet BioLIMS doit être désigné pour chaque échantillon même si aucune base de données BioLIMS n’est utilisée.
  • Page 33 Pour saisir les informations sur l’échantillon et sauvegarder l’enregistrement de plaque : (suite) Etape Action Pour chaque échantillon, sélectionner le Run Module (Module d'électrophorèse) approprié dans la liste déroulante. Le tableau suivant montre les choix de modules d'électrophorèse basés sur le type d’analyse : Type d’analyse...
  • Page 34 Pour saisir les informations sur l’échantillon et sauvegarder l’enregistrement de plaque : (suite) Etape Action Pour chaque échantillon, sélectionner le Analysis Module (Module d’analyse) approprié dans la liste déroulante. IMPORTANT La préférence doit être sélectionnée pour une analyse AutoAnalysis automatique après la série (voir page 2-7). Le tableau suivant indique le module d’analyse à...
  • Page 35 Pour saisir les informations sur l’échantillon et sauvegarder l’enregistrement de plaque : (suite) Etape Action Vérifier que l’enregistrement de plaque est correct, et cliquer sur Remarque Patienter pendant que le nouvel enregistrement de plaque est consigné dans la base de données et ajouté au tableau Pending Plate Records (Enregistrements des plaques provisoires) comme indiqué...

  • Page 36: Liaison D'une Plaque

    Liaison d’une plaque Introduction Cette procédure explique comment lier une plaque sur le passeur d'échantillons à l’enregistrement de plaque qui vient d’être créé. Cette opération doit intervenir avant d’analyser la plaque. IMPORTANT Une plaque peut être liée même si aucun module d’électrophorèse n’a été sélectionné...
  • Page 37 Pour lier une plaque à un enregistrement : (suite) Etape Action Vérifier que la plaque a bien été liée. Une fois cela vérifié : Le bouton (Lancer l’instrument) sur la barre d’outils est activé, ce Run Instrument qui signifie que l’instrument est prêt à fonctionner. Le témoin de positionnement pour la plaque liée devient vert.
  • Page 38 Pour lier une plaque à un enregistrement : (suite) Etape Action Cliquer sur l’onglet (Fenêtre d’exécution) pour visualiser le calendrier de Run View la série d’analyse. Remarque Même si l’opérateur peut supprimer des passages particuliers, il ne peut pas modifier leur ordre d’exécution. La programmation des séries dépend d’un certain nombre de facteurs ;...

  • Page 39: Démarrage Et Surveillance De La Série

    Démarrage et surveillance de la série Démarrage Pour lancer une série : d’une série Etape Action Cliquer sur le bouton vert Run Instrument (Lancer l’instrument) pour lancer les séries d’analyse programmées. Bouton Run Instrument Une série d’analyse utilisant GeneScan_POP4DefaultModule prend environ 45 mn. Surveillance Pour surveiller une série : d’une série...

  • Page 40: Arrêt D'une Série Et Récupération Des Données

    Arrêt d’une série et récupération des données Passage à une série Quand une analyse est en cours, les boutons de passage à la série suivante, de pause et d’arrêt de série sont visibles sur la barre d’outils. suivante et arrêt Bouton d’arrêt Bouton de pause Bouton de passage à...

  • Page 41: Affichage, Modification Ou Création D'un Module D'électrophorèse

    Affichage, modification ou création d’un module d'électrophorèse Introduction Le module d'électrophorèse définit comment l’échantillon est analysé pendant l’exécution de la série (par. ex., la durée de la série, sa température et le temps d’injection). Affichage d’un Pour visualiser un module d'électrophorèse : module Etape Action...
  • Page 42 Modification ou Pour modifier un module d'électrophorèse existant ou en créer un nouveau : création d’un Etape Action module d'électrophorèse Cliquer sur le bouton sur la barre d’outils. Module Editor La boîte de dialogue Module Editor s’ouvre. Sélectionner le module d'électrophorèse à utiliser comme modèle. Modifier les valeurs de réglage à...

  • Page 43: Affichage Et Modification D'un Module D'analyse

    Affichage et modification d’un module d’analyse Introduction Le module d’analyse définit comment les données brutes sont analysées automatiquement à la fin de la série (par. ex., paramètres de l’étalon de masse moléculaire et de la plage d’analyse). Affichage et Pour afficher ou modifier le module d’analyse GeneScan (fichier .gsp) : modification des Etape Action...
  • Page 44 Pour afficher ou modifier le module d’analyse GeneScan (fichier .gsp) : (suite) Etape Action On peut apporter des changements au module d’analyse s’il y a lieu. Pour plus de détails sur ces paramètres, se reporter au Manuel d’utilisation du logiciel d’analyse ABI P GeneScan.

  • Page 45: Affichage Et Analyse Des Données

    Affichage et analyse des données Présentation Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes : Section Voir page Affichage des données brutes d’une série terminée dans le logiciel de collecte des données Affichage des données analysées Analyse ou réanalyse des données 3-12 Remarque On suppose pour la lecture de ce chapitre que les données d’exploitation ont été...

  • Page 46: Affichage Des Données Brutes D'une Série Terminée Dans Le Logiciel De Collecte Des Données

    Affichage des données brutes d’une série terminée dans le logiciel de collecte des données Les données brutes sont divisées en blocs de données de fluorescence traitée par la Introduction matrice multicomposante (corrigés pour le chevauchement spectral). Il y a deux façons d’afficher les données brutes dans le logiciel de collecte des données 3100 : sur la page Array View (Fenêtre de barrette), comme on observerait les résultats d’un fichier gel d’un instrument ABI P...
  • Page 47 Pour afficher les résultats d’une série terminée : (suite) Etape Action Utiliser les fonctions de défilement sur la page pour afficher les Array View données. IMPORTANT Toujours refermer les fenêtres . Ne pas Array View Capillary View laisser ces pages ouvertes pendant une période prolongée lors d’une série. Cela risquerait d’entraîner des problèmes de mise à...
  • Page 48 Pour afficher les résultats d’une série terminée : (suite) Etape Action Une autre solution, pour afficher l’électrophérogramme de plusieurs capillaires à la fois, consiste à cliquer sur l’onglet Capillary View pour afficher la page de ce nom. IMPORTANT Toujours refermer les fenêtres .

  • Page 49: Affichage Des Données Analysées

    Affichage des données analysées Introduction Une fois les données de série extraites vers les fichiers échantillon, le logiciel d’analyse ABI P GeneScan ® permet d’afficher les données, brutes et analysées, RISM de l’électrophérogramme. Se reporter au Manuel d’utilisation du logiciel d’analyse ABI P GeneScan pour RISM plus de détails sur l’affichage et sur l’analyse des données GeneScan.
  • Page 50 Remarque Toutes les fonctions du logiciel sont décrites dans le Manuel d’utilisation du logiciel Affichage des d’analyse ABI P GeneScan. RISM fichiers échantillon particuliers Pour créer un nouveau projet et ajouter et afficher des fichiers échantillon : Etape Action Démarrer le logiciel d’analyse GeneScan. L’opérateur peut créer une icône de raccourci pour le logiciel d’analyse GeneScan sur le menu .
  • Page 51 Pour créer un nouveau projet et ajouter et afficher des fichiers échantillon : (suite) Etape Action Dans la boîte de dialogue Add Sample Files a. Sélectionner le dossier contenant les fichiers échantillon voulus. b. Cliquer sur (Tout ajouter) pour ajouter tous les fichiers à la liste du projet, Add All ou sur (Ajouter) pour n’ajouter que les fichiers sélectionnés.
  • Page 52 Pour créer un nouveau projet et ajouter et afficher des fichiers échantillon : (suite) Etape Action Pour afficher un fichier échantillon, cliquer deux fois sur son nom dans la fenêtre Analysis Control Boutons d’affichage Si la fenêtre présente l’aspect suivant, les fichiers échantillon n’ont pas été analysés.
  • Page 53 Pour créer un nouveau projet et ajouter et afficher des fichiers échantillon : (suite) Etape Action Utiliser l’outil à forme de loupe pour modifier l’échelle du graphique. a. Cliquer sur l’outil pour le sélectionner. ( b. Cliquer sur le graphique pour effectuer un zoom rapproché ou sur -clic pour revenir en plan général.
  • Page 54 Pour afficher plusieurs ensembles de données avec la fenêtre de contrôle des résultats : (suite) Etape Action Cliquer sur le numéro d’échantillon du projet pour sélectionner toutes les couleurs pour cet échantillon. Numéro d’échantillon du projet Bouton d’électrophérogramme Champs des fluorophores Bouton de tableau Nombre de...
  • Page 55 Pour afficher plusieurs ensembles de données avec la fenêtre de contrôle des résultats : (suite) Etape Action Pour imprimer l’affichage, choisir Print dans le menu File Utiliser les boutons Clear Panel (Effacer le panel) ou Clear All (Tout effacer) sur la fenêtre (Contrôle des résultats) pour effacer le contenu des panels.

  • Page 56: Analyse Ou Réanalyse Des Données

    Analyse ou réanalyse des données Introduction Remarque Pour plus de détails sur l’analyse des données à l'aide du logiciel d’analyse GeneScan, se reporter au Manuel d’utilisation du logiciel d’analyse ABI P GeneScan. RISM Quand faut-il analyser les données avec le logiciel GeneScan Le fichier échantillon ne contiendra pas de données analysées si l’opérateur ne désigne pas de module d’analyse dans l’enregistrement de plaque.
  • Page 57 Pour analyser ou réanalyser les fichiers échantillon : (suite) Etape Action Dans la liste déroulante (Paramètres), sélectionner le fichier des Parameters paramètres d’analyse (.gsp) destiné aux fichiers échantillon du tableau. Pour examiner ou modifier les paramètres d’analyse, cliquer deux fois sur le nom du fichier de paramètres.
  • Page 58 Pour analyser ou réanalyser les fichiers échantillon : (suite) Etape Action Sélectionner tous les fluorophores en cliquant dans le coin supérieur gauche de la barre des champs de fluorophores. Cliquer ici pour sélectionner tous les fluorophores Avant de cliquer Après avoir cliqué Cliquer sur le bouton Analyze (Analyser).

  • Page 59: Calibrations Spatiale Et Spectrale

    Calibrations spatiale et spectrale Présentation Dans ce chapitre Ce chapitre contient les sections suivantes : Section Voir page Exécution d’une calibration spatiale Exécution d’une calibration spectrale Calibrations spatiale et spectrale 4-1...

  • Page 60: Exécution D'une Calibration Spatiale

    Exécution d’une calibration spatiale Quand doit-on La calibration spatiale doit être effectué à chaque : effectuer une installation ou remplacement de barrette capillaire calibration spatiale retrait temporaire de la barrette capillaire du bloc de détection Exécution d’un Pour effectuer une calibration spatiale : calibration spatiale Etape Action...
  • Page 61 Pour effectuer une calibration spatiale : (suite) Etape Action Si la calibration... Procédure... a réussi la boîte de dialogue suivante apparaît : a. Cliquer sur (Détails) pour afficher la fenêtre Details (Profil de calibration Spatial Calibration Profile spatiale). b. Passer à la section « Affichage des résultats et enregistrement des données »...
  • Page 62 Affichage des Pour afficher les résultats de calibration spatiale et sauvegarder les données : résultats et Etape Action enregistrement Evaluer le profil de calibration spatiale. des données Remarque Pour plus de détails sur l’évaluation du profil, se reporter au Manuel d’utilisation de l’analyseur génétique 3100 ABI P (Réf.
  • Page 63 Pour afficher les résultats de calibration spatiale et sauvegarder les données : (suite) Etape Action Pour... Procédure... enregistrer ces données de Cliquer sur (Oui). calibration dans la base de données du logiciel de collecte 3100 supprimer ces données et utiliser a.

  • Page 64: Exécution D'une Calibration Spectrale

    Exécution d’une calibration spectrale Introduction L’exécution d’une calibration spectrale comprend trois grands volets : Définition des normes Lancement de la calibration spectrale Vérification de la calibration spectrale Remarque Cette section explique la calibration spectrale en utilisant le jeu de standards de matrice DS-30.
  • Page 65 Pour préparer les standards de matrice pour les matrices du jeu de fluorophores D : (suite) Etape Action Homogénéiser au vortex. Centrifuger le mélange. Chauffer le tube de standard à 95 °C pendant 3 à 5 mn pour dénaturer l’ADN. Placer immédiatement les tubes sur la glace pendant 2 mn.
  • Page 66 Pour charger les standards : (suite) Etape Action Centrifuger la plaque de façon à positionner chaque standard au fond de son puits. Les échantillons doivent : ne pas avoir cet ne pas avoir cet avoir cet aspect... aspect... aspect... L’échantillon est Une bulle d’air se trouve L’échantillon repose sur positionné...

  • Page 67: Création D'un Enregistrement De Plaque Etape

    Création d’un Pour créer un enregistrement de plaque destiné aux standards de matrice dénaturés enregistrement Etape Action de plaque Sur la page (Fenêtre de plaque) du logiciel de collecte des données Plate View 3100, cliquer sur (Nouveau). La boîte de dialogue Plate Editor (Editeur de plaque) s’ouvre.
  • Page 68 Liaison de la plaque Pour lier l’enregistrement à la plaque : Etape Action Dans le tableau , sélectionner l’enregistrement de plaque qui Pending Plate Records vient d’être créé. Cliquer sur le graphique correspondant à la plaque sur le passeur d’échantillons. Remarque Une fois la plaque liée : –...
  • Page 69 A la fin du passage, alors que les données sont analysées, la zone Spectral Zone des résultats Calibration Result (Résultats de la calibration spectrale) s’ouvre pour indiquer les de la calibration capillaires acceptés et les capillaires refusés. spectrale Capillaire accepté (.) Capillaire refusé...
  • Page 70 Après avoir effectué la calibration spectrale, il est de bonne pratique de vérifier la Examen d’un profil qualité des données spectrales pour chaque capillaire. de calibration spectrale pour le jeu Pour afficher le profil de calibration spectrale mémorisé pour un jeu de fluorophores : de fluorophores D Etape Action...
  • Page 71 Pour afficher le profil de calibration spectrale mémorisé pour un jeu de fluorophores : (suite) Etape Action Sélectionner le jeu de fluorophores et cliquer sur Cela ouvre la boîte (Matrice du jeu de fluorophores D). Matrices for dye set D Utiliser les boutons fléchés ou le coulisseau pour examiner les données de chaque capillaire.

  • Page 73: Présentation

    Entretien de l’instrument5 Présentation Dans ce chapitre Ce chapitre décrit les mesures à prendre pour l’entretien de l’Analyseur génétique 3100 ABI P RISM Section Voir page Listes des travaux de maintenance Elimination des bulles d’air du bloc polymère supérieur Vérification de l’espace disque disponible Nettoyage et inspection des seringues Retrait des blocs polymère Nettoyage des blocs polymère...

  • Page 74: Listes Des Travaux De Maintenance

    Listes des travaux de maintenance Présentation Cette section indique la liste des travaux d’entretien courants exigés pour le bon fonctionnement de l’analyseur génétique 3100. Les tâches sont agencées sur la liste en fonction de la fréquence de leur exécution. Tâches journalières Effectuer ces tâches au moins une fois par jour.
  • Page 75 Tâches Effectuer ces tâches au moins une fois par semaine. hebdomadaires Tâche de maintenance Fréquence Voir... Nettoyer les seringues. Hebdomadaire page 5-6 ou au besoin Nettoyer les réservoirs d’eau et de tampon à l’eau Hebdomadaire — chaude. Nettoyer les blocs polymère inférieur et supérieur. Hebdomadaire page 5-10 Remplacer le polymère dans les seringues, dans le bloc...

  • Page 76: Elimination Des Bulles D'air Du Bloc Polymère Supérieur

    Elimination des bulles d’air du bloc polymère supérieur Elimination des Pour plus de details sur l’assistant de changement de polymére, se reporter au Manuel d’utilisation de l’analyseur génétique ABI P bulles d’air RISM Pour éliminer les bulles d’air du bloc polymère supérieur à l'aide de l’assistant de changement de polymère : Etape Action...

  • Page 77: Vérification De L'espace Disque Disponible

    Vérification de l’espace disque disponible Introduction Vérifier chaque semaine l’espace disque disponible pour s’assurer qu’il permettra de stocker les données à créer. Les procédures suivantes indiquent comment vérifier l’espace disque : sur le disque dur (normalement D) pour les fichiers échantillon extraits dans la base de données de l’instrument (normalement l’unité...

  • Page 78: Nettoyage Et Inspection Des Seringues

    Pour vérifier l’espace disque disponible pour les fichiers échantillon : (suite) Etape Action Evaluer la quantité d’espace libre nécessaire à l'aide des informations ci-dessous. Espace approximatif Type de fichier requis par fichier (Ko) Fichier échantillon analysé pour l’analyse de fragment Fichier échantillon non analysé...
  • Page 79 Retrait des seringues Pour retirer les seringues de l’instrument : Etape Action Saisir la seringue de réserve de polymère au dessus du raccord ou à la base, et tourner la seringue dans le sens anti-horaire. Ne pas desserrer ce raccord en retirant la seringue IMPORTANT Faites attention de ne pas enlever le raccord.
  • Page 80 IMPORTANT Après avoir nettoyé la seringue, toujours vérifier la présence des joints toriques Inspection d’une pour éviter les fuites pendant l’analyse. seringue Pour inspecter la seringue : Etape Action Inspecter la présence des deux joints toriques dans la seringue (Réf. nº 221102) : une derrière la bague et l’autre autour. Joints toriques Vérifier que la bague est solidement placée dans l’extrémité...

  • Page 81: Retrait Des Blocs Polymère

    Retrait des blocs polymère Retrait du bloc Pour retirer le bloc polymère supérieur : polymère supérieur Etape Action Retirer les seringues comme cela est décrit en page 5-7. Débrancher la barrette capillaire du bloc polymère : a. Appuyer sur le bouton du plateau. b.

  • Page 82: Nettoyage Des Blocs Polymère

    Nettoyage des blocs polymère Quand faut-il Nettoyer les blocs polymère inférieur et supérieur : nettoyer les blocs avant de changer le polymère sur l’instrument polymère lorsque le polymère est resté sur l’instrument plus d’une semaine Remarque Le polymère âgé de plus d’une semaine provoque une augmentation de courant transitoire pendant l’électrophorèse due à...

  • Page 83: Montage Du Polymère Frais Sur L'instrument

    Montage du polymère frais sur l’instrument Quand faut-il Nous recommandons de changer le polymère chaque semaine. Le polymère a une durée de vie d'environ 7 jours à 25 °C. changer le polymère ATTENTION Ajout ou DANGER CHIMIQUE. Le polymère POP risque de provoquer l’irration des yeux, de la peau et de l’appareil respiratoire.

  • Page 84: Avant D'installer Une Barrette Capillaire Précédemment Utilisée

    Avant d’installer une barrette capillaire précédemment utilisée Introduction Avant de réinstaller une barrette capillaire, il est recommandé de : nettoyer la face avant de la cellule de détection vérifier que la barre cathodique est sèche Cette procédure est inutile pour les nouvelles barrettes, sauf si la cellule de détection Nettoyage de la a été...

  • Page 85: Installation Et Retrait De La Barrette Capillaire

    Installation et retrait de la barrette capillaire Quand faut-il Remplacer la barrette capillaire après environ 100 passages. changer la barrette Les problèmes suivants suggèrent qu’une nouvelle barrette capillaire est nécessaire : capillaire mauvaise précision de taille ou désignation d’allèle mauvaise résolution et/ou intensité de signal diminuée ATTENTION DANGER CHIMIQUE.
  • Page 86 Pour remplacer une barrette capillaire ou l’installer sur un instrument : (suite) Etape Action Respecter les directives de l’assistant pour remplacer ou installer la barrette. Passer à la section « Remplacement du tampon » ci-dessous. Remplacer le tampon après avoir installé une nouvelle barrette capillaire. Remplacer Remplacement ensuite les réservoirs d’eau et de tampon après 12 h de fonctionnement.

  • Page 87: Stockage D'une Barrette Capillaire

    Stockage d’une barrette capillaire Quand faut-il la Ranger la barrette capillaire hors de l’instrument quand elle reste inutilisée pendant plus d’une semaine. ranger hors de l’instrument Avant de stocker la barrette capillaire pendant une période prolongée, nous recommandons de remplir les capillaires de polymère frais. IMPORTANT Ne pas laisser les capillaires de la barrette sécher s’ils doivent être réutilisés.

  • Page 88: Arrêt De L'instrument

    Arrêt de l’instrument Quand faut-il Effectuer la procédure d’arrêt appropriée comme suit : effectuer chaque Si l’instrument est laissé procédure d’arrêt sans surveillance... Effectuer une procédure d’arrêt... pendant une semaine au à court terme plus avec un réservoir IMPORTANT Il est déterminant pour le succès de la tampon plein procédure d’arrêt á...

  • Page 89: A Préparation Du Formamide

    Préparation du formamide Désionisation et stockage du formamide A propos du Le formamide permet de dénaturer les échantillons d’ADN avant qu’ils ne soient placés sur l’Analyseur génétique 3100 ABI P ® formamide : Agent RISM dénaturant IMPORTANT Un formamide de haute qualité est essentiel pour des données reproductibles. Le formamide acheté...

  • Page 90: Matériaux Requis

    L’utilisation de formamide désionisé contenant un stabilisateur alcalin prévient ces problèmes. Les matériels suivants sont recommandés pour cette procédure : Matériaux requis Matériel Description Formamide Le formamide brut (avant la désionisation) doit : présenter une pureté égale ou supérieure à 99,5 %, avec un faible contenu aqueux être emballé...

  • Page 91: Etalonnage Du Contrôleur De Conductivité

    Une cellule et un contrôleur de conductivité sont nécessaires pour mesurer l’efficacité Etalonnage du du processus de désionisation. Plus le formamide est désionisé, plus sa conductivité contrôleur de est faible. conductivité Dans la gamme de mesure, le contrôleur de conductivité doit être étalonné régulièrement (jusqu’à...
  • Page 92 Pour commencer la purification et mesurer la conductivité : (suite) Etape Action Si la conductivité est... Procédure... >5 µSiemens/cm Revenir à l’étape 7, et agiter pendant 30 mn supplémentaires. <5 µSiemens/cm Passer à la section « Pour compléter la purification du formamide désionisé : » ci-dessous.
  • Page 93 Index adresse Web démarrage du logiciel d’analyse GeneScan 3-6 Applied Biosystems 1-6 dénaturation des échantillons 2-4 Documents sur demande 1-6 Documents sur demande 1-6 affichage données données brutes (en couleur) dans le logiciel de collecte affichage des données analysées 3-5 des données 3-2 à...
  • Page 94 jeu de fluorophores réanalyser les données. Voir analyse et réanalyse des pris en compte 2-3 données sélection 2-16 réservoirs positions sur le passeur d’échantillons 2-12 remplissage 2-10 à 2-12 réservoirs d’eau et de tampon cathodique, Kits "linkage mapping set", leurs indices de remplissage 2-10 à...
  • Page 96 Siège social 850 Lincoln Centre Drive Foster City, CA 94404 Etats-Unis Téléphone : +1 650.638.5800 Numéro gratuit (Etats-Unis) : +1 800.345.5224 Télécopie : +1 650.638.5884 Agences commerciales internationales Le vaste réseau de service et de distribution Applied Biosystems, prèsent dans 150 pays sur les six continents, met à...

Table des Matières