Amplifiats Passant Le Filtre; Considérations Relatives À L'indexage - illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence

Guide de référence de l'instrument NextSeq 550Dx
Figure 25 Visualisation de l'intensité des amplifiats
Tableau 1 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux
Canal
Base
ro ug e
A 1 (allumé)
C 1 (allumé)
G 0 (éteint)
T 0 (éteint)

Amplifiats passant le filtre

Au cours de l'analyse, RTA2 filtre les données brutes pour supprimer les lectures non conformes au seuil de
qualité des données. Les amplifiats qui se chevauchent et ceux de mauvaise qualité sont supprimés.
Dans le cas d'une analyse sur deux canaux, RTA2 utilise un système basé sur une population pour
déterminer la pureté d'une définition des bases. Les amplifiats franchissent le filtre (PF) lorsqu'au plus une
définition des bases au cours des 25 premiers cycles a une pureté inférieure à 0,63. Les amplifiats qui ne
passent pas le filtre ne servent pas à la définition des bases.
Considérations relatives à l'indexage
Le processus de définition des bases qui a lieu pendant la lecture d'index diffère de celui qui a lieu pendant
les autres lectures.
Une lecture d'index doit contenir une base autre que G au moins dans l'un des deux premiers cycles. Si
deux bases G sont définies au début d'une lecture d'index, aucune intensité de signal n'est générée. Il faut
obtenir un signal dans l'un des deux premiers cycles pour assurer la performance de démultiplexage.
Pour accroître la robustesse de démultiplexage, sélectionnez à chaque cycle des séquences d'indexage qui
fournissent un signal dans un canal au moins ou si possible dans les deux canaux. Suivez cette
recommandation pour éviter les combinaisons d'index pouvant aboutir à l'obtention de bases G uniquement
à n'importe quel cycle.
Canal rouge : A ou C
u
Canal vert : A ou T
u
Ce processus de définition des bases permet d'éviter les erreurs lors de l'analyse d'échantillons low-plex.
Document nº 1000000009513 v07 FRA
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
Canal
Résultat
vert
1 Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge que dans le canal
(allumé) vert.
0 (éteint) Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal rouge.
0 (éteint) Amplifiats ne montrant d'intensité dans aucun emplacement d'amplifiat connu.
1 Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal vert.
(allumé)
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