Fichiers De Sortie De Séquençage; Plaques De La Flow Cell - illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence

Annexe D Fichiers et dossiers de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
Structure du dossier de sortie
Fichiers de sortie de séquençage
T ype de f ichiers Descriptio n, em placem ent et no m des f ichiers
Fichiers de Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des bases; ces fichiers sont
définition des bases rassemblés dans un fichier pour chaque ligne de chaque cycle. Le fichier cumulé contient la
définition des bases ainsi que le score de qualité codé associé à chaque amplifiat de cette ligne.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
[Cycle].bcl.bgzf, où [Cycle] représente le numéro à quatre chiffres du cycle. Les fichiers de
définition des bases sont compressés à l'aide du logiciel de compression gzip.
Fichier index de Pour chaque ligne, un fichier index binaire indique les renseignements sur la plaque d'origine
définition des bases dans une paire de valeurs pour chaque plaque, qui sont le numéro et le nombre d'amplifiats de
la plaque.
Les fichiers d'index de définition des bases sont créés la première fois qu'un fichier de définition
des bases est créé pour une ligne.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
s_[Ligne].bci
Fichiers Pour chaque plaque, les coordonnées XY de chaque amplifiat sont rassemblées dans un fichier
d'emplacement des d'emplacement des amplifiats pour chaque ligne. Les fichiers d'emplacement des amplifiats
amplifiats sont le résultat de la génération du modèle.
Data\Intensities\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
s_[ligne].locs
Fichiers de filtrage Les fichiers de filtrage spécifient si les amplifiats ont franchi les filtres. Les renseignements de
filtrage sont rassemblés dans un seul fichier de filtrage pour chaque ligne et chaque lecture.
Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour chaque ligne.
s_[ligne].filter
Fichiers InterOp Fichiers de compte rendu binaire. Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long de l'analyse.
Dossier
Fichier de Créé au début de l'analyse, le fichier de configuration RTA indique les paramètres de l'analyse.
[Dossier
configuration RTA
Fichier de Indique le nom de l'analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la lecture est une lecture
renseignements sur indexée et le nombre de stries et de plaques sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur
l'analyse l'analyse est créé au début de l'analyse.
[Dossier
Plaques de la Flow Cell
Les plaques sont de petites zones d'imagerie sur la Flow Cell qui constituent pour la caméra une unité de
vision. Le nombre total de plaques dépend du nombre de lignes, de stries et de surfaces imagés sur la
Flow Cell et de la façon dont les caméras fonctionnent conjointement pour recueillir les images. Les Flow Cell à
débit élevé comportent 864 plaques au total.
Document nº 1000000009513 v07 FRA
DESTINÉ AU DIAGNOSTIC IN VITRO UNIQUEMENT
InterOp
racine], RTAConfiguration.xml
racine], RunInfo.xml
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