Fichiers De Sortie Du Balayage; Structure Du Dossier De Sortie De Balayage - illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence De L'instrument

Guide de référence de l'instrument NextSeq 550Dx en mode recherche

Fichiers de sortie du balayage

Type de fichiers
Fichiers GTC
Fichiers images

Structure du dossier de sortie de balayage

[Date]_[Nom de l'instrument]_[Nº de balayage]_[Code à barres]
[Code à barres]
Config
Effective.cfg : enregistre les paramètres de configuration utilisés lors du balayage.
Focus : contient les fichiers images servant à mettre au point le balayage.
Logs : contient les fichiers journaux répertoriant chaque étape effectuée pendant le balayage.
PreScanDiagnosticFiles
[Date_Heure] Barcode Scan
ProcessedBarcode.jpg : image du code à barres de la puce BeadChip.
Diagnostics de balayage (fichiers journaux)
PreScanChecks.csv : enregistre les résultats de la vérification automatique.
Fichiers GTC : fichiers de typage génotypique (un fichier par échantillon).
Fichiers IDAT : (facultatif) fichiers de données d'intensité (deux fichiers par échantillon, un fichier par
canal).
Fichiers images : images du balayage pour chaque échantillon, section, témoin, caméra, plaque et
canal.
[Code à barres]_sample_metrics.csv
[Code à barres]_section_metrics.csv
ScanParameters.xml
Document nº 1000000041922 v01 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
Description, emplacement et nom des fichiers
Fichier de typage génotypique. Un fichier GTC est généré pour chaque échantillon
balayé sur la puce BeadChip. Le nom du fichier comprend le code à barres et
l'échantillon balayé.
[code à barres]_[échantillon].gtc
Les fichiers images sont nommés d'après la zone qui a été balayée sur la puce
BeadChip. Ce nom comprend le code à barres, l'échantillon et la section sur la puce
BeadChip, le témoin, ainsi que le canal d'imagerie (rouge ou vert).
[code à barres]_[échantillon]_[section]_[témoin]_[caméra]_[plaque]_[canal].jpg
• Code à barres : le nom de fichier commence par le code à barres de la puce BeadChip.
• Échantillon : une zone de la puce BeadChip numérotée selon une rangée (R0X), de
haut en bas, et selon une colonne (C0X), de gauche à droite.
• Section : une rangée numérotée au sein d'un échantillon.
• Témoin : les puces BeadChip sont imagées sous la forme d'un ensemble de plaques
qui se chevauchent. Seul un témoin est donc utilisé pour l'imagerie de la section.
• Caméra : la caméra utilisée pour recueillir l'image.
• Plaque : une zone d'imagerie qui constitue pour la caméra l'unité de vision.
• Canal : un canal est soit rouge, soit vert.
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