illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence De L'instrument page 63

Guide de référence de l'instrument NextSeq 550Dx en mode recherche
Les fichiers de sortie sont utilisés pour une analyse en aval dans BaseSpace. Autrement, utilisez le logiciel de
conversion bcl2fastq pour les conversions FASTQ et les solutions d'analyse tierce. Les fichiers NextSeq
550Dx requièrent bcl2fastq v2.0 ou une version ultérieure. Pour obtenir la dernière version de bcl2fastq,
veuillez consulter la page de téléchargement de NextSeq 550Dx
RTA v2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l'analyse, stockés dans des fichiers InterOp.
Les fichiers InterOp sont des fichiers de sortie binaires contenant des indicateurs relatifs aux plaques, aux
cycles et au niveau de lecture nécessaires pour afficher des indicateurs en temps réel en utilisant le logiciel
SAV (visualiseur d'analyse de séquençage). Pour la dernière version du SAV, consultez la
téléchargement du logiciel SAV
Gestion des erreurs
RTA2 crée des fichiers journaux et les enregistre dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont enregistrées dans
un fichier d'erreurs au format *.tsv.
Les fichiers journaux et d'erreurs suivants sont transférés vers leur emplacement final de sortie à la fin du
traitement :
*GlobalLog*.tsv récapitule les événements importants survenus pendant l'analyse.
u
*Error*.tsv répertorie les erreurs survenues au cours d'une analyse.
u
*WarningLog*.tsv répertorie les avertissements reçus au cours d'une analyse.
u
Flux de travail de Real-Time Analysis
Génération du modèle
Enregistrement et extraction
des intensités
Correction de la mise en
phase
Définition des bases
Notation de la qualité
Génération du modèle
La première étape du flux de travail RTA est la génération du modèle, qui définit la position de chaque
amplifiat dans une plaque à l'aide des coordonnées X et Y.
La génération du modèle nécessite les données d'image des cinq premiers cycles de l'analyse. Une fois
l'imagerie du dernier cycle de modèle d'une plaque réalisée, le modèle est généré.
REMARQUE
Pour la détection d'un amplifiat pendant la génération du modèle, il doit y avoir au moins une base autre
que G dans les cinq premiers cycles. Pour toutes les séquences d'indexage, RTA v2 nécessite au moins une
base autre que G dans les deux premiers cycles.
Le modèle est utilisé comme référence pour l'étape suivante d'enregistrement et l'extraction des intensités.
Les emplacements des amplifiats sur toute la Flow Cell sont écrits dans les fichiers d'emplacement des
amplifiats (*.locs), un pour chaque ligne.
Document nº 1000000041922 v01 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
sur le site Web d'Illumina.
Cartes d'emplacement des amplifiats.
Enregistre l'emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell et détermine une valeur
d'intensité pour chaque amplifiat.
Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase.
Détermine une définition des bases pour chaque amplifiat.
Attribue un score de qualité à chaque définition des bases.
sur le site Web d'Illumina.
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