illumina NextSeq 550Dx Guide De Référence De L'instrument page 64

Guide de référence de l'instrument NextSeq 550Dx en mode recherche
Enregistrement et extraction des intensités
L'enregistrement et l'extraction des intensités débutent après la génération du modèle.
L'enregistrement aligne les images produites par chaque cycle d'imagerie selon le modèle.
u
L'extraction d'intensité détermine une valeur d'intensité pour chaque amplifiat du modèle pour une
u
image donnée.
S'il y a échec d'enregistrement de l'image d'un cycle, quelle qu'elle soit, aucune définition des bases ne sera
générée pour cette plaque dans ce cycle. Utilisez le logiciel SAV (visualiseur d'analyse de séquençage) pour
examiner les vignettes et trouver les images dont l'enregistrement a échoué.
Correction de la mise en phase
Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d'ADN dans un amplifiat s'étend d'une base par cycle.
La mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu'un brin est déphasé par rapport au cycle
d'incorporation en cours.
La mise en phase se produit lorsqu'un brin a un retard d'une base.
u
La mise en préphase se produit lorsqu'un brin a une avance d'une base.
u
Figure 29 Mise en phase et en préphase
A Lecture avec une base présentant une mise en phase
B Lecture avec une base présentant une mise en préphase
RTA2 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase, ce qui maximise la qualité des
données à chaque cycle tout au long de l'analyse.
Définition des bases
La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d'une plaque donnée d'un
cycle spécifique. L'instrument NextSeq 550Dx utilise un séquençage à deux canaux, qui ne nécessite que
deux images pour encoder les données de quatre bases d'ADN, une provenant du canal rouge et une autre,
du canal vert.
Les intensités extraites d'une image et sa comparaison avec une autre image donnent quatre populations
distinctes, chacune correspondant à un nucléotide. Le processus de définition des bases détermine à quelle
population appartient chaque amplifiat.
Document nº 1000000041922 v01 FRA
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d'examens diagnostiques.
59