Table des Matières
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ATTENTION : Les vapeurs de formaldéhyde sont toxiques. L'électrophorèse
d'ARN dans des gels contenant du formaldéhyde doit avoir
lieu dans une hotte.
Suivez la migration des échantillons dans le gel en utilisant le
colorant de chargement comme indicateur. (Voir Annexe A
pour la recette du Tampon de chargement des échantillons.)
Laissez les échantillons migrer jusqu'à ce que les fragments
se soient séparés, normalement jusqu'à ce que la partie avant
du colorant de bleu de bromophénol ait migré à 3/4 jusqu'au
gel.
REMARQUE : Si le gel contient du bromure d'éthidium, la progression de
l'électrophorèse peut être surveillée pendant le cycle en
éteignant le bloc d'alimentation, en retirant le couvercle et en
allumant une lumière UV à ondes moyennes sur le gel. Les
bandes séparées apparaîtront sous forme de bandes orange
sur fond violet foncé.
H. Détection et documentation des fragments séparés
1. À la fin du cycle, éteignez le bloc d'alimentation et débranchez le
cordon d'alimentation. Retirez le couvercle et le plateau de gel.
Vous pouvez aussi placer la cuve toute entière sur un
transilluminateur.
2. Pour colorer les gels ARN contenant du formaldéhyde après
l'électrophorèse, faites tremper le gel dans 1 litre d'eau traitée par
DEPC pendant une nuit à température ambiante. Transférez le gel
dans une solution de 20X SSC contenant 0,5 µg/ml de bromure
d'éthidium, colorez pendant 5 à 10 minutes.
3. Les échantillons colorés avec du bromure d'éthidium sont
visualisés en les exposant à une lumière UV à ondes moyennes
(312 nm). Comme le plateau de coulage du gel est transparent
aux UV, il est inutile de retirer le gel du plateau avant la
visualisation. Placez le plateau de coulage du gel contenant le gel
à la surface du filtre d'un transilluminateur UV pour une bonne
visualisation.
4. Les motifs des bandes d'échantillon peuvent être documentés par
autoradiographie.
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